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  • SX知识学习——IGV

    IGV下载

      http://software.broadinstitute.org/software/igv/download

      注:根据自己需求下载相应版本

    IGV使用

      需要提前安装好java8

        网址:https://java.com/zh_CN/download/win10.jsp

    —>解压IGV_Win_2.4.14,点击进入文件,进到lib文件里面,复制路径(如:

      D:IGV_Win_2.4.14IGV_Win_2.4.14lib),

    —>打开cmd命令,输入命令:java -Xmx750m -jar D:IGV_Win_2.4.14IGV_Win_2.4.14libigv.jar,

      按Enter键,

    —>就会出现如下界面:

      教程:http://www.omicshare.com/class/home/index/singlev?id=12

      

    —>选择(导入)参考基因数据

      模式

      点击Genomes选择相应的参考基因组,如下图

           

      如果不是模式植物就自己点击file加载下载好的(如hg19.fa)参考基因组序列

    —>导入特定格式的分析数据

      vcf、gtf 

      https://blog.csdn.net/u011808596/article/details/78306298

      比对好的sam文件,用samtools软件转换成bam文件

        (samtools view -b -S file.sam > file.bam),

      然后排序

        (samtools sort file.bam file.sorted),

      建index

        (samtools index file.sorted.bam),

      再将其转换成tdf文件

        ()

      然后再将tdf文件导入IGV进行可视化

    —>浏览数据,选取目标区域 

           

    —>设置track属性,优化展示结果

      

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/fangfang66/p/9585187.html
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