nii文件在python中的使用

NIFTI格式图像

NIFTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）格式图像是由一个包含头文件元数据和一个包含二进制的图像资料组成的文件。

读取NIFTI格式图像可以通过软件ITK-SNAP打开

可以看到：ITK-SNAP获得了分别来自三个角度的视图（水平面、矢状面、冠状面）

使用Python读取

2.1 simpleITK

import SimpleITK as sitk
from matplotlib import pyplot as plt


def showNii(img):
    for i in range(img.shape[0]):
        plt.imshow(img[i, :, :], cmap='gray')
        plt.show()


itk_img = sitk.ReadImage('./new_coronary.nii.gz')
img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
print(img.shape)  # (155, 240, 240) 表示各个维度的切片数量
showNii(img)

可以看到文件中包含的图像信息

2.2 Nibabel

import matplotlib
matplotlib.use('TkAgg')
 
from matplotlib import pylab as plt
import nibabel as nib
from nibabel import nifti1
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D
 
example_filename = './Brats18_2013_2_1_flair.nii.gz'
 
img = nib.load(example_filename)
print (img)
print (img.header['db_name'])   # 输出头信息

# 由文件本身维度确定，可能是3维，也可能是4维 
width,height,queue=img.dataobj.shape
 
OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()
 
num = 1
for i in range(0,queue,10):
 
    img_arr = img.dataobj[:,:,i]
    plt.subplot(5,4,num)
    plt.imshow(img_arr,cmap='gray')
    num +=1
 
plt.show()

也可看到文件中的图像

操作与ITK-SNAP软件类似