FPGA下载的三种方式：主动配置方式（AS）和被动配置方式（PS）和最常用的(JTAG)配置方式：
AS由FPGA器件引导配置操作过程，它控制着外部存储器和初始化过程，EPCS系列.如EPCS1,EPCS4配置器件专供AS模式，目前只支持 Cyclone系列。使用Altera串行配置器件来完成。Cyclone期间处于主动地位，配置期间处于从属地位。配置数据通过DATA0引脚送入 FPGA。配置数据被同步在DCLK输入上，1个时钟周期传送1位数据。
PS则由外部计算机或控制器控制配置过程。通过加强型配置器件（EPC16，EPC8，EPC4）等配置器件来完成，在PS配置期间，配置数据从外部储存部件，通过DATA0引脚送入FPGA。配置数据在DCLK上升沿锁存，1个时钟周期传送1位数据。
JTAG接口是一个业界标准,主要用于芯片测试等功能,使用IEEE Std 1149.1联合边界扫描接口引脚，支持JAM STAPL标准，可以使用Altera下载电缆或主控器来完成。
AS PS JTAG的区别：
AS模式: 烧到FPGA的配置芯片里保存的，FPGA器件每次上电时，作为控制器从配置器件EPCS主动发出读取数据信号，从而把EPCS的数据读入FPGA中，实现对FPGA的编程；
PS模式：EPCS作为控制器件，把FPGA当做存储器，把数据写人到FPGA中，实现对FPGA的编程。该模式可以实现对FPGA在线可编程；
JTAG：直接烧到FPGA里面的，由于是SRAM，断电后要重烧；
.pof文件可以通过AS方式下载（保证byteblasterII/usb blaster连接正确）；
.sof文件或者转换的.jic可以通过JTAG方式下载。
FPGA在正常工作时，它的配置数据存储在SRAM中，加电时须重新下载。在实验系统中，通常用计算机或控制器进行调试，因此可以使用PS。在实用系统中，多数情况下必须由FPGA主动引导配置操作过程，这时FPGA将主动从外围专用存储芯片中获得配置数据，而此芯片中fpga配置信息是用普通编程器将设计所得的pof格式的文件烧录进去。
专用配置器件：epc型号的存储器
常用配置器件：epc2,epc1,epc4,epc8,epc1441(现在好象已经被逐步淘汰了)等
对于cyclone cycloneII系列器件,ALTERA还提供了针对AS方式的配置器件,EPCS系列.如EPCS1,EPCS4配置器件也是串行配置的.注意,他们只适用于cyclone系列.
除了AS和PS等单BIT配置外，现在的一些器件已经支持PPS，FPS等一些并行配置方式，提升配置了配置速度。当然所外挂的电路也和PS有一些区别。还有处理器配置比如JRUNNER 等等，如果需要再baidu吧，至少不下十种。比如Altera公司的配置方式主要有PassiveSerial(PS),Active Serial(AS),Fast Passive Parallel(FPP),Passive ParallelSynchronous(PPS),Passive Parallel Asynchronous(PPA),Passive SerialAsynchronous(PSA),JTAG等七种配置方式，其中Cyclone支持的配置方式有PS，AS，JTAG三种.
一般在做FPGA实验板,(如cyclone系列)的时候,用AS+JTAG方式,这样可以用JTAG方式调试,而最后程序已经调试无误了后,再用 AS模式把程序烧到配置芯片里去。
关于工程中不同后缀名的文件的适用范围:
sof(SRAMObject File)当直接用PS模式下将配置数据下到FPGA里用到,USB BLASTER,MASTERBLASER,BBII,BBMV适用,quartusII会自动生成,所有其他的配置文件都是由sof生成的.
pof(Programmer Object File)也是由quartusII自动生成的,BBII适用,AS模式下将配置数据下到配置芯片中
rbf(Raw Binary File)用于微处理器的二进制文件.在PS,FPP,PPS,PPA配置下有用处
rpd(Raw Programing Data File)包含bitstream的二进制文件,可用AS模式配置,只能由pof文件生成
hex(hexadecimal file)这个就不多说了,单片机里很多
ttf(Tabular Text File)适用于FPP,PPS,PPA,和bit-wide PS配置方式
sbf(Serial Bitstream File)用PS模式配置Flex 10k和Flex6000的。
AS模式下载：即生成pof文件，通过Activeserial programming方式下载：（软件版本11.0）
1.首先设置配置芯片的类型。以使其编译时能够产生pof文件。
设置好之后进行编译一下生成pof文件
然后，把板子上的JTAG接口换成AS下载接口
下载设置：
添加后在verify和blank check选项中画上勾（因为我们使用的为USB blaster 下载，所以需要校验）
在下载之前将usb下载开关拨到pROG，然后才能点击下载按钮进入下载 页面下载程序。
2、固化下载（间接JTAG下载）的另外一种下载方式：
（先编译生成SOF文件，也就是JTAG方式下的下载文件）
1.
然后点击close，接着可以再编译一下。最后下载：
最后下载就可以了。。。。
最后提醒的是：：：：：：：：：：EPCS下载次数数量有限，，，，具体参看datasheet...
本文参考：http://blog.sina.com.cn/s/blog_7d1e2bb101016w1n.html