Homer 的Mac安装及使用

基本能够比较熟练地操作Linux和Windows，但是Mac还是不很熟练，今天也在Mac上面折腾了不少时间。

Homer是一个分析DNA motif的程序，需要先安装，再使用。

首先，来这里http://biowhat.ucsd.edu/homer/introduction/install.html下载一个安装脚本configureHomer.pl.

cd到所在目录，然后 perl configureHomer.pl -install即可安装

当然，它会有一些dependency，所以需要下载一些dependency如samtools、blat等等（需要仔细看说明）后即可

接着，安装好后会给你一个path，让你贴到.bashrc后面即可。在ubuntu中很容易，只要sudo gedit /etc/.bashrc即可；但是奇怪的是在mac中我总是无法激活修改的权限，即使用root（sudo -s)也不行。我只好在我的home文件夹下新建一个/foreverycc/.bashrc file，然后把一些path贴到这里。只要source一下即可 source /Users/foreverycc/.bashrc 

此时，type一下findMotifs.pl即会出现数个选项！

.bashrc文件的目的就是能够让你的程序能够直接在bash上面使用。

###Homer 的使用 ###

我现在使用的主要就是一个叫做findMotifs.pl的程序

使用规则： findMotifs.pl　　input file　　genome set　　output directory　　-bg 　　background file -promoter start and end

如：

findMotifs.pl Homer_Test/Top_170_Features_Symbol_HMHE_HMLE.txt human Homer_Result/Top_170_Features_BG_HMHE_HMLE/ -bg Homer_Test/Background_Features.txt -start -400 -end 100 -len 8,10

最后 -start -end是设置promoter参数的！

然后等待结果就好了～