Linux命令

登录Linux系统后，呈现在眼前的是这样一个界面：

fs@ehbio:~$

首先解释下出现的这几个字母和符号:

fs：用户名

ehbio：如果是登录的远程服务器，则为宿主机的名字

~：代表家目录, 在我们进入新的目录后，这个地方会跟着改变

$：用来指示普通用户输入命令的地方；对根用户来说一般是 #

 

Linux命令行格式：命令（空格）【选项】（空格）参数1 参数2

man 查询某一命令的具体参数，例如： man wget

1.创建、删除与复制文件、文件夹

mkdir 创建文件夹mkdir = make directory

-p选项（--parents）：创建一个目录的时候，若其父目录不存在，则自动创建，而不是默认的报错。例如：

mkdir /home/a/b

若/home目录下不存在a目录，则会报错。

加上-p选项后，就会先建立a目录，然后在a目录下再建立b目录

 

批量创建文件

touch linux-{001..100}
# 或
touch linux-`seq 100`

 

rmdir 删除空目录

cd 目录切换（区别相对路径与绝对路径）cd = Change Directory

cd #切换到家目录
cd /home/usrs #切换到/home/usrs目录
cd .. #返回上级目录
cd ../.. #返回上上级目录

cp 复制文件cp = CoPy

cp old_file new_file
-r 拷贝文件夹时的参数，递归拷贝

mv 重命名或移动文件、文件夹mv = MoVe

mv file_old_name file_new_name #文件重命名
mv folder_old_neme folder_new_name #文件夹重命名
mv file new_folder/ #将文件移动到新目录

rm 删除文件、文件夹rm = ReMove

rm file #删除文件
rm -r folder #删除文件夹

删除一个目录和其中的子文件（子目录）

rm -rf 目录名

-f --force

 

rename 进行文件批量重命名

2.读写文件、文件夹

ls 显示文件夹中文件列表ls = LiSt

-l 长格式列出

-a 显示所有文件，包括隐藏文件和目录（所有以“.”为开始的文件和目录为隐藏文件）

-F 会在每个文件名后附上一个字符以阐明该文件的类型

-h 参数是更加人性化打印文件的尺寸大小，单位是G，M，K。否者显示文件的字节大小

ls -la ＃显示全部详细格式（列出当前目录中的所有文件和目录，包括隐藏文件和目录）
ll ＃显示文件详细信息（ll是“ls -lh"的别名）

cat 直接查看文件cat = CATenate

在这与<<END连用用于读入大段数据。输入cat <<END之后，回车，会看到终端出现一个大于号，大于号后面可以输入内容，再回车，继续输入内容，直到我们输入END，输入过程结束，我们输入的内容都显示在了屏幕上

cat <<END > test.fa
> >SOX2
> ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
> SSSS
> >OCT4
> SLJLJLJL
> SLL
> >NANOG
> END

cat主要有三大功能：

# 一次显示整个文件
cat filename
# 从键盘创建一个文件，只能创建新文件，不能编辑已有文件
cat > filename  
# 将几个文件合并为一个文件
cat file1 file2 > file

 

more/less 翻页查看文件

q退出

上下箭头、空格翻页

两个有意思的命令，tac：文件翻转；rev：每列反转

cat <<END | tac
> first
> second
> third
> END
third
second
first
cat <<END | rev
> abcde
> xyz
> END
edcba
zyx

sed 编辑文件sed = Stream EDitor

sed ‘s/A/a/g’ file ＃将文件中所有的A替换为a
sed -n ‘3,6 p’ file ＃打印第3到6行
sed ‘5 q’ file ＃打印前5行

> 重定向，将终端结果输出给文件，会创建新文件或者覆盖原文件

sed ‘s/A/a/g’ file > new_file

>> 重定向，将终端结果输出给文件，内容会加在原文件内容尾部

sed ‘5 q’ file >> new_file

# sed =先输出行号，再输出每行的内容
$ echo "a b c" | tr ' ' '
' | sed =
1
a
2
b
3
c

# N: 表示读入下一行；sed命令每次只读一行，加上N之后就是缓存了第2行，所有的操作都针对第一行
# s: 替换；把换行符替换为	
ct@ehbio:~$ echo "a b c" | tr ' ' '
' | sed = | sed 'N;s/
/	/' 
1    a
2    b
3    c

# s: 替换；把读取的奇数行行首加一个'>'（偶数行相当于被隐藏了）
ct@ehbio:~$ echo "a b c" | tr ' ' '
' | sed = | sed 'N;s/^/>/'
>1
a
>2
b
>3
c

ln(link) 给文件建立快捷方式 (ln -s source_file target 创建软连接)

在建立软连接时，原文件要使用全路径。全路径指以/开头的路径。

建立软连接，是为了在不增加硬盘存储的情况下，简化文件访问方式的一个办法。把其它文件夹下的文件链接到当前目录，使用时只需要写文件的名字就可以了，不需要再写长串的目录了。

../：表示上一层目录；../../：表示上面两层目录

 

pwd (print working directory) 输出当前所在的目录

 

`为键盘Esc下第一个按键 (与家目录~符号同一个键)，写在反引号内的命令会被运行，运行结果会放置在反引号所在的位置

# 建立软连接，把当前目录下的ehbio2.fa，链接到上一层目录的data下面
# 这是一个无效的软连接
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -s ehbio2.fa ../data

# 在使用ls查看时，无效软连接的文件名下面是黑色的背景
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ../data/
总用量 4
lrwxrwxrwx 1 ct ct   9 6月   9 17:55 ehbio2.fa -> ehbio2.fa
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月   8 14:48 first.fa

# 建立软连接时，原始文件一定使用全路径。全路径指以/开头的路径
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -s /home/ct/ehbio_project/ehbio2.fa ../data
ln: 无法创建符号链接" ../data/ehbio2.fa" : 文件已存在
# 上面的错误信息是，已经存在这么一个链接了（虽然是无效的），但再建新的链接时还会提示
# 使用`-f`(force)强制覆盖已有的链接
# 通常为了简化写法，使用`pwd`代替全路径
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ln -fs `pwd`/ehbio2.fa ../data

# 再次查看时，就正常了。文件名下面没有了背景色，并且有个右箭头指向原始文件
# `lrwxrwxrwx`中的`l`表示软连接
ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls -l ../data/
总用量 4
lrwxrwxrwx 1 ct ct  32 6月   9 17:56 ehbio2.fa -> /home/ct/ehbio_project/ehbio2.fa
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月   8 14:48 first.fa

3.文件信息提取

wc 查看文件行数、字数wc = Word Count

-c 统计字节数

-l 统计行数

-w 统计字数

wc -l file ＃查看文件行数
wc -w file ＃查看文件字数

head 查看文件前几行，默认为10行

head -n [N] file ＃查看文件前N行

tail 查看文件后几行

tail -n [N] file ＃查看文件后N行

cut 取出文件中的特定列或字符

cut -f [N] file ＃取出第N列
cut -d “;” -f [N] file ＃以”；”作为输入字段的分隔符（默认为制表符tab），取出第N列。如果一行没有指定的分隔符，整行都为第一列

sort 排序

sort -n file ＃按照数值排序（默认为按照ASCII码排序）
sort -k start[,stop] file ＃按照指定的字段进行排序；start指定开始处字段，stop指定结尾处字段，如果省略stop，默认到行尾

-r --reverse 倒序排序

-t --field-separator 设置字段分隔符

 

uniq 去重复，排序完才可以使用uniq = UNIQue

uniq -c ＃去重复并且计算重复频率

grep 文件中关键词搜索，返回行grep = global regular expression print

grep ‘CDS’ file ＃显示匹配上 ‘CDS’ 的所有行
grep -v ‘CDS’ file ＃显示没有匹配上’CDS’的所有行
grep -w ‘CDS’ file ＃必须与整个字匹配，如果另外有’CDSs’这样的字符串，就不会与之匹配
grep -x ‘CDS’ file ＃仅匹配整行，即只显示整行就是’CDS’的所有行

# 获取包含>的行的行数 (-c: count lines)
grep -c '>' ehbio.fa
# 4

| 管道，命令粘合剂，可将某命令的结果输出给另一个命令

head -n 20 file | tail -n 10
cut -f 3 file | sort | uniq -c

# tr是用于替换字符的，把空格替换为换行，文字就从一行变为了一列
$ echo "1 2 3" | tr ' ' '
'
1
2
3

4.查找文件

which 寻找可执行文件，显示路径

whereis 寻找特定文件

locate 按照关键词搜索文件

 

5. 查看、修改文件权限

chmod 修改文件的访问权限，分为数字模式和符号模式

数字模式：

chmod 755 file
chmod -R 755 folder ＃-R 修改该目录中所有文件的权限

三位数分别表示文件所有者u (user)，用户组g (group)，其他人o (other)

r表示可读，w表示可写，x表示可执行

用数字表示：可读r=1，可写w=2，可执行x=4

例如：777表示所有用户对文件具有读、写、执行权限；755表示文件所有者对文件具有可读、可写、可执行权限，其他用户只具有可读、可执行权限

符号模式：

chmod u+x,go=rx file #使file文件的所有者加上可执行权限，将用户组和其他人权限设置为可读和可执行
chmod o-x file ＃使其他人对file文件除去可执行权限
chmod -R a+x folder ＃使所有人对folder文件夹加上可执行权限

符号：+加入，－除去，＝设置

 

6.文件、文件夹的打包，压缩与解压缩

gzip压缩文件

-c 将输出写到标准输出上，并保留原文件

-d或--decompress 将压缩文件解压

-r或--recursive  递归处理，将指定目录下的所有文件及子目录一并处理

gzip file

gunzip 解压缩文件（.gz文件）

gunzip file.gz

tar 打包压缩文件、文件夹的产生与解压缩

tar -zcv -f folder.tar.gz folder ＃打包压缩文件夹（gzip格式）
tar -jcv -f folder.tar.gz folder ＃打包压缩文件夹（bzip2格式）
tar –ztv -f folder.tar.gz ＃查看压缩文件夹中的文件名（gzip格式）
tar –jtv -f folder.tar.gz ＃查看压缩文件夹中的文件名（bzip2格式）
tar -zxv –f folder.tar.gz ＃打开包并解压缩（gzip格式）
tar -jxv –f folder.tar.gz ＃打开包并解压缩（bzip2格式）

-z 压缩（gzip格式）

-j 压缩（bzip2格式）

-c 打包

-v 显示过程

-f 新建的压缩文件名

-t 查看压缩包里的文件名

-x 解压缩

 

zip解压缩

unzip yasuo.zip

 

7. 系统及进程

top 监视计算机使用情况

ctrl-c 终止当前进程

ctrl-z 暂停当前进程

bg 让暂停的进程在后台继续运行

fg 把后台运行的进程调到前台

ps 列出所有用户的进程

ps -e #列出所有的用户的进程
ps -f #列出详细的列表

kill 终止特定进程

kill PID_list #终止PID进程

date 显示系统的时间和日期，可用于为程序运行时长进行计时

 

8.文本编辑 Vi /Vim

3种工作模式: 编辑模式、 一般模式(Visual)、命令模式

模式切换方法:

编辑模式到一般模式: 按 Esc

一般模式到编辑模式: 输入 “i、a、o”等

一般模式到命令模式: 输入“：、／、？”

1. 一般模式下:

上下左右移动光标: 键盘方向键

屏幕向下移动半页: ctrl+d

屏幕向上移动半页: ctrl+u

移动到当前行的最前面字符处: ^ 或者 0

移动到当前行的最后面字符处: $

移动到文件的第一行: gg

移动到文件的最后一行: G

移动到文件的第 n 行: n

复制： y

复制: nyy (将当前行开始的 n 行内容复制到缓冲区)

粘贴： p

粘贴: p (将缓冲区的内容复制到光标所在处)

删除： d

删除: ndd (删除当前行及其后 n-1 行)

n 移动到下一个 string 字符串

N 移动到上一个 string 字符串

取消前一次操作: u

重做前一次操作: ctrl+r

查找字符串:

/string #向光标之下查找字符串 string
？string #向光标之上查找字符串 string

替换字符串:

:%s/string1/string2/

2. 命令模式下：

文件存盘： :w

存盘并退出： :wq

不存盘退出：：q!

打开文件: :r file_name

新建文件: :e file_name

文件另存为 : :w file_name

移动到指定的行处: :n

鼠标定位: :set mouse=a

自动缩进: :set autoindent

显示行号: :set number

执行 shell 命令: :!command

3.编辑模式下：

可进行文本编辑。

 

多行删除

首先在命令模式下，输入“：set nu”显示行号；通过行号确定你要删除的行；命令输入“：32,65d”，回车键，32-65行就被删除了

 

在Linux命令行中， "." 可代表当前目录，".."可代表上一层目录

 

批量修改文件夹权限

先进入目录，举例为www

cd /www

然后递归设置文件夹（目录）权限为755

find -type d|xargs chmod 755

同样，把目录下的所有文件权限递归地改成644可以这样执行

find -type f|xargs chmod 644