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    下载后解压
    tar -zxvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz

    移动到专门安装生物信息软件的目录下

    mv sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64 ~/biosoft
    加入环境变量
    echo 'PATH=$PATH:~/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc
    source ~/.bashrc
    测试
    prefetch -v
    下载测试文件SRR390728,默认存放在家目录下的ncbi文件夹中
    prefetch -c SRR390728
     
    转换sra文件的套路:
    fastq-dump --gzip --split-3 -O path -A accession
    -O 指定输出路径
    --gzip 指定输出格式为gzip压缩格式(fastqc软件可以直接识别gzip压缩的文件)
    --split-3 如果是双端测序数据,则输出两个文件,如果不是则只输出一个文件
     
    具体到我们下载的数据:
    for i in `seq 56 62`
    do 
       fastq-dump --gzip --split-3 -O ./fastq/ -A SRR35899${i}.sra
    done
    以上命令在vim中编辑,保存为.sh文件后,通过bash运行,注意seq前的撇不是单引号
     
    转换fastq
    fastq-dump *.sra
    转换fasta
    fastq-dump  --fasta *.sra
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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/freescience/p/7277551.html
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