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软件源不同
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pip用来安装来自PyPI（https://www.python.org/）的python所有的依赖包，并且可以选择安装任何在PyPI上已上传的先前版本的依赖包，个人认为是python相关的包和第三方包以及各种版本；
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apt-get可以用来安装软件、更新源、也可以用来更新自Ubuntu（https://launchpad.net/ubuntu）的典型依赖包，典型安装即意味着它只是安装（最新发布的，或最近一个的）单一版本，并且我们不能决定我们要安装的依赖包的版本或选择它之前的版本。
一个是更新系统级别包，一个是更新一种编程语言级别包（库）
使用差异
如果需要最新版本的python依赖包，可以直接使用apt-get
在项目突然需要使用旧版本的依赖包时，使用virtualenvwrapper和pip来安装上一个旧版本的依赖包；
pip需要安装才能使用，配合virtualenvwrapper会锦上添花。