InnoDB存储引擎
该引擎是MySQL数据库的默认事务型引擎，它被设计用来处理大量短期事务（绝大多数正常提交，很少回滚）
InnoDB的数据存储在表空间中，表空间是由InnoDB管理的一个黑盒子，由一系列的数据文件组成，在MySQL4.1之后的版本中，InnoDB可以将每个表的数据和索引存放在单独的文件中。InnoDB也可以使用裸设备作为表空间的存储介质（现在已无必要）。InnoDB采用MVCC来支持高并发，并实现了其中的四个隔离级别，默认级别为可重复读，并通过间隙锁策略来防止幻读的出现。间隙锁使得InnoDB不仅仅锁定查询涉及的行，还会对索引中的间隙进行锁定，以防止幻影行的插入。InnoDB表是基于聚簇索引建立的，InnoDB的索引结构和MySQL的其他存储引擎有非常大的不同，聚簇索引对主键查询有非常高的性能。不过它的二级索引中必须包含主键列，所以如果主键列非常大的话，其他的索引都会很大。（表上的索引如果特别多的话，主键列应当尽可能的小）。InnoDB的数据存储格式是平台独立的。
InnoDB内部已经做了许多的优化，包括从磁盘读取数据时候采用的可预测性读，能够自动在内存中建立hash索引以加速读操作，加速插入操作的插入缓冲区等。作为事务型存储引擎，InnoDB通过一些机制和工具支持真正的热备份，MySQL的其他存储引擎不支持热备份。
MyISAM存储引擎
MySQL5.1及之前的版本，MyISAM是默认的存储引擎。MyISAM提供了大量的特性，包括全文索引、压缩、空间函数（GIS），但MyISAM不支持事务和行级锁，并且崩溃后无法安全恢复。
MyISAM会将表存储在两个文件中：数据文件（.MYD）和索引文件（.MYI）。
MyISAM对整张表加锁，而不是针对行。读取时间会对需要读到的所有表加共享锁，写入时则对表加排它锁。但是在表有读取查询的同时，也可以往表中插入新的记录（并发插入）。对于MyISAM表，MySQL可以手工或者自动执行检查和修复操作。执行表的修复可能导致一些数据的丢失，而且修复速度是非常慢的。 对于MyISAM表，即使是BLOB和TEXT这种长字段，也可以基于前500个字符创建索引。创建MyISAM表的时候，如果指定了DELAY_KEY_WRITE选项，在每次修改执行完成时，不会立即写回到磁盘，而是会写到内存中的键缓冲区，只有在清理键缓冲区或者关闭表的时候才会将对应的索引块写入到磁盘。
如果表在创建并导入数据之后，不会再进行修改操作，那么这样的表或许适合采用MyISAM压缩表。压缩表是不能进行修改的（除非解压修改再压缩）。压缩表可以极大减少磁盘空间的占用，因此也可以减少磁盘I/O，从而提升查询性能。压缩表也同样支持索引，但索引也只能是只读的。
MyISAM引擎设计简单，数据以紧密格式存储，所以在某些场景下性能良好。MyISAM有一些服务器级别的性能扩展限制。
Archive引擎
该引擎只支持Insert和Select操作，Archive引擎会缓存所有的写并利用zlib对插入的数据进行压缩，所以比MyISAM表的磁盘I/O更少，但是每次Select都需要执行全表扫描。（适合数据采集以及日志）
Archive引擎支持行级锁和专用的缓冲区，可以实现高并发插入。
Blackhole引擎
该引擎没有实现任何存储机制，它会丢弃所有插入的数据，不做任何保存，但服务器会记录Blackhole表的日志，所以可以用于复制数据到备份数据库。
CSV引擎
可以将普通的CSV文件作为MySQL的表来处理，但这种表不支持索引。CSV引擎可以在数据库运行时拷入或者拷出文件。CSV引擎作为一种数据交换的机制，非常有用。
Federated引擎
该引擎是访问其他MySQL服务器的一个代理，它会创建一个到远程MySQL服务器的客户端连接，并将查询传输到远程服务器执行，然后提取或者发送需要的数据。
Memory引擎
如果需要快速地访问数据，并且这些数据不会被修改，重启以后丢失也没有关系，那么可以使用Memory表。所有的数据都可以存储在内存中，不需要进行磁盘I/O。Memory表的结构在重启以后还会保留，但是数据会丢失。
Memory表支持Hash索引，因此查找操作非常快。Memory是表级锁，因此并发写入的性能比较低，不支持BLOB或者TEXT类型的列，并且每一行的长度是固定的，因此可能导致内存浪费。
如果MySQL在执行查询的过程中需要使用临时表来存储中间结果，内部使用的临时表就是Memory表。如果中间结果太大超过了Memory表的限制，或者含有BLOB或者TEXT字段，则临时表会转换成MyISAM表。
Merge引擎
该引擎是MyISAM引擎的一个变种，由多个MyISAM表合并而来的虚拟表。
NDB集群引擎
MySQL集群使用的引擎。
选择合适的引擎
除非需要用到某些InnoDB不具备的特性，并且没有其他的办法可以替代，否则都应该优先选择InnoDB引擎。
事务 如果应用需要事务的支持，那么InnoDB是目前最好的选择，如果不需要事务，并且主要的是Insert和Select的话，那么MyISAM是不错的选择。
备份 如果可以定期地关闭服务器来执行备份，那么备份的因素可以忽略。反之，如果需要在线热备份，那么选择InnoDB就是基本的要求。
崩溃恢复 数据量比较大的时候，系统崩溃后如何快速地恢复是一个需要考虑的问题。
特有的特性 有些应用可能依赖一些存储引擎所独有的特性或者优化。