（1）不能向后兼容。每一个新版本不能兼容早期的版本。举例来说，有些新版本不再支持某些selector，新版jQuery却没有保留对它们的支持，而只是简单的将其移除。这可能会影响到开发者已经编写好的代码或插件。
（2）插件兼容性。与上一点类似，当新版jQuery推出后，如果开发者想升级的话，要看插件作者是否支持。通常情况下，在最新版jQuery版本下，现有插件可能无法正常使用。开发者使用的插件越多，这种情况发生的几率也越高。我有一次为了升级到jQuery 1.3，不得不自己动手修改了一个第三方插件。
（3）在同一页面上使用多个插件时，很容易碰到冲突现象，尤其是这些插件依赖相同事件或selector时最为明显。这虽然不是jQuery自身的问题，但却又确实是一个难于调试和解决的问题。
（4）jQuery的稳定性。它没有让我的浏览器崩溃，我这儿指的是其版本发布策略。jQuery 1.3版发布后仅过数天，就发布了一个漏洞修正版1.3.1。他们还移除了对某些功能的支持，可能会影响许多代码的正常运行。我希望类似修改不要再出现。
（5）在大型框架中，jQuery核心代码库对动画和特效的支持相对较差。但是实际上这不是一个问题。目前在这方面有一个单独的jQuery UI项目和众多插件来弥补此点.