【fastqe】有趣的表情包版fastqc

FASTQ with Emoji = FASTQE

表情版的FASTQC，适用于Illumina 1.8+/Sanger format

使用

安装 使用conda 或者pip

$ pip install fastqe

$ conda install -c bioconda fastqe

测试数据下载

$ wget https://zenodo.org/record/3977236/files/female_oral2.fastq-4143.gz

默认是给出平均值，计算fastq文件中的序列最大值和最小值，需要加参数--max,--min

$ fastqe female_oral2.fastq-4143.gz --max --min

输出

我们知道fastq文件中质量值以ASCII字符来表示，fastqe 运行时，加上--scale参数，会给出每个表情对应的ascii字符。

#scale for fastqe
#  0 ! 
#  1 " ❌
#  2 # 
#  3 $ 
#  4 % 
#  5 & 
#  6 ' 
#  7 ( 
#  8 ) 
#  9 * 
#  10 + 
#  11 , 
#  12 - 
#  13 . 
#  14 / 
#  15 0 
#  16 1 
#  17 2 
#  18 3 
#  19 4 
#  20 5 ⚠️
#  21 6 
#  22 7 
#  23 8 
#  24 9 
#  25 : 
#  26 ; 
#  27 < 
#  28 = 
#  29 > 
#  30 ? 
#  31 @ 
#  32 A 
#  33 B ☺️
#  34 C 
#  35 D 
#  36 E 
#  37 F 
#  38 G 
#  39 H 
#  40 I 
#  41 J 

若我们只是简单关心下序列质量好坏程度得一个范围，我么可以用--bin参数。它将一个范围内的质量值以一个表情来表示

$ fastqe female_oral2.fastq-4143.gz --min --max --scale --bin
#scale for fastqe
#  0 ! 
#  1 " 
#  2 # 
#  3 $ 
#  4 % 
#  5 & 
#  6 ' 
#  7 ( 
#  8 ) 
#  9 * 
#  10 + 
#  11 , 
#  12 - 
#  13 . 
#  14 / 
#  15 0 
#  16 1 
#  17 2 
#  18 3 
#  19 4 
#  20 5 ⚠️
#  21 6 ⚠️
#  22 7 ⚠️
#  23 8 ⚠️
#  24 9 ⚠️
#  25 : 
#  26 ; 
#  27 < 
#  28 = 
#  29 > 
#  30 ? 
#  31 @ 
#  32 A 
#  33 B 
#  34 C 
#  35 D 
#  36 E 
#  37 F 
#  38 G 
#  39 H 
#  40 I 
#  41 J 

看，平均值，序列数据有一半是警告或者狗屎。。。

biomojify

将你的序列数据以Emoji来展示，

安装也是pip

$ pip install biomojify

将DNA ATCG序列 转为 :

fastq数据也可以转

$ zcat female_oral2.fastq-4143.gz | head -n 4 > test.fq

查看其帮助文档, 蛋白质序列，vcf也可以转

$ biomojify -h
usage: biomojify [-h] [--version] [--log LOG_FILE] {fasta,fasta_protein,fastq,vcf} ...

Read one or more FASTA or FASTQ files, and convert them to emoji.

positional arguments:
  {fasta,fasta_protein,fastq,vcf}
                        sub-command help
    fasta               fasta --help
    fasta_protein       fasta_protein --help
    fastq               fastq --help
    vcf                 vcf --help

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --version             show program's version number and exit
  --log LOG_FILE        record program progress in LOG_FILE

参考

https://github.com/fastqe/biomojify
https://fastqe.com/