1、定义不同
港航局：港航管理局。属于政府事业单位，负责海事交通管理的部门。
海事局：中华人民共和国海事局，是指1998年在原中华人民共和国港务监督局、中华人民共和国船舶检验局的基础上合并组建而成的交通部直属机构。
实行垂直管理体制。其主要职能是根据法律法规的授权,负责行使国家水上安全监督和防止船舶污染、船舶及海上设施检验、航海保障管理和行政执法，并履行交通部安全生产等管理职能。
2、职责不同
港航局：贯彻执行有关港口、航运工作的法律、法规、规章和方针、政策。
根据国家和地方对港口发展的战略要求和本市城市总体规划。
负责属于地方政府管理权限的国际海上运输、沿海运输和长江运输的行业管理工作。
负责港口和水运的行业管理工作。
负责港口公用基础设施、内河航道的规划和管理工作。
负责对港口和内河航道建设市场秩序进行监管。
负责协调国家重点物资和紧急、特种物资以及军事、抢险救灾物资的水路运输。
负责征缴、代征国家和地方规定的涉及港口和航运的有关规费及其他费收。
负责国内外船舶进出上海港引航的有关管理和监督工作。
负责港口和水运从业人员的技术、业务培训、考核和发证的管理工作。
负责有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
承办市政府交办的其他事项。
海事局：拟订和组织实施国家水上交通安全监督管理、船舶及相关水上设施检验和登记、防治船舶污染和航海保障的方针、政策、法规和技术规范、标准。
统一管理水上交通安全和防治船舶污染。监督管理船舶所有人安全生产条件和水运企业安全管理体系；调查、处理水上交通事故、船舶污染事故及水上交通违法案件；指导船舶污染损害赔偿工作。
负责船舶、海上设施检验行业管理以及船舶适航和船舶技术管理；管理船舶及海上设施法定检验、发证工作；审定船舶检验机构和验船师资质、负责对外国验船组织在华设立代表机构进行监督管理；负责中国籍船舶登记、发证、检查和进出港（境）签证；
负责外国籍船舶入出境及在我国港口、水域的监督管理；负责船舶保安和防抗海盗管理工作；负责船舶载运危险货物及其他货物的安全监督。
负责船员、引航员、磁罗经校正员适任资格培训、考试、发证管理。审核和监督管理船员、引航员、磁罗经校正员培训机构资质及其质量体系；负责海员证件的管理工作。
管理通航秩序、通航环境。负责禁航区、航道（路）、交通管制区、锚地和安全作业区等水域的划定；负责禁航区、航道（路）、交通管制区、锚地和安全作业区等水域的监督管理，维护水上交通秩序；核定船舶靠泊安全条件；
核准与通航安全有关的岸线使用和水上水下施工、作业；管理沉船沉物打捞和碍航物清除；管理和发布全国航行警（通）告，办理国际航行警告系统中国国家协调人的工作；审批外国籍船舶临时进入我国非开放水域；办理港口对外开放的有关审批工作和中国便利运输委员会的日常工作。
负责航海保障工作。管理沿海航标、无线电导航和水上安全通信；管理海区港口航道测绘并组织编印相关航海图书资料；归口管理交通行业测绘工作；承担水上搜寻救助组织、协调和指导的有关工作。
组织实施国际海事条约；履行“船旗国”、“港口国”及“沿岸国”监督管理义务，依法维护国家主权；负责有关海事业务国际组织事务和有关国际合作、交流事宜。
组织编制全国海事系统中长期发展规划和有关计划；管理所属单位基本建设、财务、教育、科技、人事、劳动工资、精神文明建设工作；
负责船舶港务费、船舶吨税、船舶油污损害赔偿基金等有关管理工作；受部委托，承担港口建设费征收的管理和指导工作；负责全国海事系统统计和行风建设工作。
承办交通运输部交办的其他事项。