边缘系统的名称，来自其各种不同构造所在的位置。人类丰富多变的情绪生活的这个源头，位于大脑皮质和脑干的分界线上。我们只要想到我们情绪经验的两种层面，就看得出安排在这个位置的道理。所谓“较低”的边缘系统——位于大脑皮质之外的——是原始自发情绪的源头，包括人在激动、惊恐、得意、忧惧的时刻，出现的肾上线分泌、剧烈心跳、两腿发软等各种身体上的反应，都是由此而来。这些反应都是本能的，是神经系统里预先设定的，所以是所有人都一样的。不论哪种文化背景中的人，都是以相同的面部表情表达情绪，例如，恐惧时皱眉撇嘴，打招呼时面露微笑。这些都是在神经系统较基本的层次中设定的，所以小婴儿也一样会有这些不由自主的反应，甚至其他哺乳类动物——如狗与猴子也有这些表情。
较高层的边缘系统全力处理有意识的情绪经验。情绪意念不分崇高琐碎，都在我们的意识生活中占有重要地位，因为大脑皮质有很大一部分在参加情绪的制造工程。这些皮质区统称为边缘系统皮质，是组成脑前叶、顶叶、预叶内核的一圈脑回，我们能意识到自己的感受，能对自己的情绪多少有些克制，都是从这儿来的。因此，较低层的边缘系统即便把情绪作了最纯粹、最本能式的表达，边缘系统皮质会按个人的文化背景和教养来调整这些一情绪反应。情绪控制也和皮质的多数其他功能一样，必须经过很长一段时间的发育才能够充分施展。
杏仁核——大脑情绪的把关者：在边缘系统的中心，正好是大脑皮质与皮质下部分之间边界上，有两个扁桃状的构造，叫作杏仁核。大脑左右半球各有一个杏仁核，隐藏在脑颢叶前方最里面的边缘上。杏仁核虽然包围在大脑皮质之中，却不属于皮质结构。它源占口脑进化史上比较古老的部分，构造比较原始，所以发育得比多层次的大脑皮质要早。
人的杏仁核如果受了损伤，情绪表达和社会反应都会变得很奇怪，似乎对于自己和他人的情绪都没了知觉。一位神经病学家描述一名杏仁核受损的病人情况如下：“假如有人拿枪指着她的脑袋，她凭智能判断知道自己该害怕，可是她没法像你我一样感到害怕。”这类病人不能理解别人的情绪，所以完全丧失了与朋友、亲人、同事正常互动的能力。由于自闭症（autism）患者有严重的人际回应能力不足现象，有很多人认为病因就在于杏仁核有损伤。
杏仁核因为位于大脑皮质和各个皮质下的构造之间，恰好可以追踪正在进行中的心智活动，并且在引起剧烈情绪的事情发生时，警惕高层与低层的各区域。杏仁核既接受每种感觉输入的讯息，也接收许多皮质区的讯息。所以，不论什么样的事情——不论是真实的或想像出来的——都可以启动杏仁核的作用：一辆汽车驶来的景象、婴儿的哭声、突然想起最后期限快到了，都能引发情绪反应。杏仁核的恐惧作用尤其活跃，会调动边缘系统的其他部件产生快速而多变的反应。例如，你看见一辆车疾驰而来的那一刻，杏仁核先激活下视丘——此乃支配身体许多基本功能的团队总监。下视丘引发一大串激素分泌，在产生“逃走或抵抗”的反应时达到最高点，这时候你的心脏猛跳、血压上升、瞳孔放大、皮肤泛白而冒出汗珠。杏仁核也与控制肌肉运动反应的基底核和脑干核连线，所以，当你看见疾驰而来的车就要与你的车相撞，脚立刻猛踩煞车，脸上也露出惊吓的扭曲状。你甚至可能在不自觉的情况下惊呼，这是因为脑干另一个区域——中央灰质——在指挥不随意的发声行为。此外，杏仁核会激活释出神经传导物质——正肾上腺素、多巴胺、乙醯胆硷的重要脑核，这些释出的激素会使你的感觉更敏锐，精神变得高度振奋。
边缘系统皮质——感觉的所在：情绪产生应该归因于杏仁核，真正感觉喜怒哀乐爱憎的地方却在大脑皮质。情绪讯息从杏仁较可以传到皮质的大部分区域，并且在皮质中转换成为心情、动机、人际互动的自觉。因为杏仁核的传讯分枝这么广，所以意念都不免受情绪影响，我们所谓的“理性观点”其实是一种假象。不论单纯的视觉讯息处理，或者是做计划作的决策的复杂任务，都因情绪影响而有偏差。如果没有情绪，我们想要欣赏美术、成就长久的友谊，甚至在超级市场里决定买哪个牌子的玉米片，都是不可能的。
大脑皮质里有两个区域和情绪经验的关系特别密切，一是眼眶皮质脑，一是前扣带回两者都在脑前叶的中层和底面，眼眶皮质脑回沿着前叶的底边（紧贴着眼眶上方），前扣带回形成前叶后端最内部的弯曲。杏仁核就是藉由这些构造，把它在较低层脑部引起的情绪状态通知有意识的心智。这两个前叶部位只要有一个受了伤，后果和杏仁校受损伤一样，会导致个人情绪反应和社会行为大变，性格如同变了一个人。眼眶皮质脑回受伤对社会行为的判断能力影响尤其严重；人会变得冲动或粗暴，通常会丧失与他人互动时的自我克制力，前扣带回受伤会抑制行为动机；使本来有野心大志的人变得平和、冷漠、行动缓慢。
杏仁核通往脑前叶皮质的连线十分重要，讯息的反向流通也一样重要。皮质神经纤维要向杏仁核和其他皮质下的边缘系统结构回馈，主要功能在于抑制较低层的边缘系统活动。我们就是利用这条通路控制情绪；不让那些会破坏人际关系或妨害崇高目标达成的恐惧、忿怒、嫉妒、贪欲等反应发作。上述实验中那些四岁的幼儿就是因为脑前弃皮质的否定回馈，才能够等实验者回来以后才吃糖果，青少年能够先做作业再看电视，也是因为得到这种回馈。为人处事必需的自制能力就是从这儿来的，这儿也是整个边缘系统之中最后开始发育的。