不同点
1. 创建方式不同
一个是FILE->NEW->PROJECT->ASP.NET WEB APPLICATION
另外一个是 FILE->NEW->WEBSITE
2. 项目结构方式不同
web application 会产生.csproj项目文件，来记录一些编译调试设置
而 web site 就只是一个文件目录
3. 发布
两者都可以通过"publish"来发布, 这样就都会预编译， 生成对应的dll文件到bin目录下。网站的响应由dll和aspx页面合作完成.
网站发布还可以无需bin目录， 将aspx页面和.cs的代码文件一起发布， 当请求页面的时候，这个页面才编译。不推荐这种方式。
4. 代码细节不同
web application :<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeBehind="Default.aspx.cs"Inherits="MyWebProject._Default" Trace="False" %>
web site:<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeFile="Default.aspx.cs" Inherits="_Default" %>
另外， Web Project 中的每一个页面除了ASPX文件，同名CS文件，还有一个叫： *.aspx.desinger.cs 文件，它里面包含了页面上所有控件的声明。而Web Site类型的APP中就没有这样东西。因为这部分代码由ASP.NET在编译时生成。
5. 引用不同
在程序集引用这一方面上，WS的所有程序集引用都是记录在 web.config 文件里面的，这样ASP.NET在编译时解析引用时使用。 但是 WP 中的程序集引用是保存在项目文件 *.csproj中的，VS在编译代码时要使用它们。但有两个例外：System.core.dll System.Web.Extension.dll 对引用是放在web.config中的，因为它们包含指定新的配置设置所需要的类。
WS 型开发的优点：
部署简单，只要把网站目录整个复制到WEB服务器即可。
简化了文件管理，任何页面文件，增删随意，不需要编辑项目文件，或者运用VS。
简化了团队协作，可以不同人写不同的页面，到时直接放过来就可以了。
简化了调试，WP型项目中，即使只修改了某个页面，也必须重新编译整个应用程序。而WS中每个文件都单独编译，并且页面只在第一次请求它的时候才编译。
允许混合使用语言。
WP型开发的优点：
文件管理比较严格，不会有什么乱七八糟的东西出现，部署的时候不需要源代码文件，因为已经被预编译进DLL中了。当然WS型也可以使用预编译工具预编译后再部署。
允许自定义部署过程，可以和MSBuild工具一起使用，允许项目的自动化和定制化编译。此外，可以对生成的程序集进行更有效的控制，可以进行合适的命名或者签名。而WS生成随机的程序集名，需要通过插件WebDeployment才可以生成单一程序集
WP型项目更容易迁移。