此 openradar 中提出者指出了原因：Xcode 调用 libgit2 时传入了 GIT_PROXY_NONE，无视了 git config 中的 proxy 配置。作者说用了自己打的 libgit2 包可以解决问题，但没说具体怎么操作。
看了一下 libgit2 里的声明：
/**
* Do not attempt to connect through a proxy
*
* If built against libcurl, it itself may attempt to connect
* to a proxy if the environment variables specify it.
*/
GIT_PROXY_NONE,
里面说如果构建时使用了 curl （一般都会使用 curl？）会遵循 curl 的配置，于是在 ~/.curlrc 中加入一行（具体 proxy 依你自己的配置来指定）：
proxy = socks5://127.0.0.1:1080
验证了一下，Xcode 可以正常使用 proxy 添加 SPM 依赖了。更新：似乎不好使
注：
上面是为了解决在 Xcode GUI 中添加新的 SPM 依赖时遇到的问题，由于 Xcode 的项目不支持 Package.swift，目前只能使用 GUI 来添加。也可以使用旁路由来解决，Xcode 所在的机器只需要设置网关为旁路由的网关即可，旁路由上跑 proxy。
如果项目之前已经添加过 SPM 了，解析时卡住的话可以用命令行操作，具体可参见 stackoverflow