zoukankan      html  css  js  c++  java
  • 【Python小试】根据外显子位置生成CDS序列

    已知

    genomic_dna.txt

    TCGATCGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGACTGATCGATCGATCGATCGATCGATATCGATCGATATCATCGATGCATCGATCATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCATATGTCAGTCGATGCATCGTAGCATCGTATAGTAGCTACGTAGCTACGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGATCGATCATCATCGTAGCTAGCTCGACTAGCTACGTACGATCGATGCATCGATCGTAGCTAGTACGATCGCGTAGCTAGCATGCTACGTAGATCGATCGATGCATGCTAGCTAGCTAGCTACGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTACGATCGATGCTACGTAGATCGATCGCTAGTAGATCGATCGCTAGCTAGCTGACTAGTACGCTGCTAGTAGTCAGCTAGATCGATGCTAGTCA
    

    exons.txt

    5,58
    72,133
    190,276
    340,398
    

    编码

    genomic_dna = open("genomic_dna.txt").read()
    exon_locations = open("exons.txt")
    output = open("coding_sequence.txt", "w")
    
    coding_sequence = ""
    for line in exon_locations:
        positions = line.split(',')
        start = int(positions[0])
        stop = int(positions[1])
        exon = genomic_dna[start:stop]
        coding_sequence = coding_sequence + exon
    
    output.write(coding_sequence)
    output.close()
    

    结果

    coding_sequence.txt

    CGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGCGATCGATCGATATCGATCGATATCATCGATGCATCGATCATCGATCGATCGATCGATCGACGATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGATCGATCATCATCGTAGCTAGCTCGACTAGCTACGTACGATCGATGCATCGATCGTACGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTACGATCG
    
  • 相关阅读:
    pycharm的常规使用
    python-引用/模块
    6-4 函数
    5-21文件的操作
    5-21python数据类型
    python-基础
    5-7接口测试工具之jmeter的使用
    接口测试基础
    把命令结果作为变量赋值
    shell变量子串
  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/12741441.html
Copyright © 2011-2022 走看看