zoukankan      html  css  js  c++  java
  • 【Python小试】将核酸序列翻译成氨基酸序列

    三联密码表

    gencode = {
        'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M',
        'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
        'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',
        'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
        'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',
        'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
        'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',
        'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
        'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V',
        'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
        'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E',
        'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
        'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S',
        'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
        'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_',
        'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W'}
    

    测试

    dna = "ATGTTCGGTGATGCTACGTAACGT"
    
    def translate(dna):
        amino_acid_sequence = ""
        for start in range(0,len(dna) - 2, 3):
            stop = start + 3
            codon = dna[start:stop]
            aa = gencode.get(codon.upper(),'X') #当指定键的值不存在时,返回X
            amino_acid_sequence = amino_acid_sequence + aa
        return(amino_acid_sequence)
    
    print(translate(dna))
    
    #用assert断言一个表达式,为 false时触发异常
    # input sequence is easy
    assert(translate_dna("ATGTTCGGT")) == "MFG"
    
    # input sequence has incomplete codons at the end
    assert(translate_dna("ATCGATCGAT")) == "IDR"
    
    # input sequence contains N
    assert(translate_dna("ACGANCGAT")) == "TXD"
    

    结果

    MFGDAT_R

  • 相关阅读:
    (转) c++ 迭代器
    (转) 学习C++ -> 向量(vector)
    latex 模版
    javascript继承篇
    ES6的Map和Set的使用,以及weakMap的一点理解
    JavaScript中的eval函数
    Node.js中的进程与线程
    普通函数与箭头函数的区别是什么?
    git 远程拉去代码 输入用户名密码
    npm 设置镜像
  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/12741475.html
Copyright © 2011-2022 走看看