1.简介
Mascot是非常经典的蛋白鉴定软件，被Frost & Sullivan形容为“质谱数据检索的黄金标准”，更新维护速度也很快（已发布到2.7版New features in Mascot Server 2.7）。but，它是商业软件（国内康昱盛代理），收费。虽然有在线版本，但仅支持少量谱图检索，只能体验一下。大规模的蛋白组搜索必须使用它们的服务器。简述下特点：
- 支持目前主流的三种检索算法：即2D-PAGE + MALDI的 Peptide Mass Fingerprint (PMF)，LC-MS或复杂MALDI的MS/MS Ion Search，以及Sequence Query功能进行分子量和碎片离子信息联合搜库。
- 特有的基于随机匹配概率的打分方法（另一种是经典的SEQUEST 2次打分算法），支持标准统计显著性检验分析
- 整合FDR阈值选项及Percolator大规模数据检索质量控制算法
- 可检索各种类型数据库，包括序列库和谱图库，也可自定义
- 支持几乎所有常用的质谱仪输出的数据格式
- 支持Web浏览器，给出概述性和详细的结果报告
mascot官网包含的东西很多，除了产品，它还提供了training的资料，blog和help文档，对于蛋白质组学入门者而言，可以多浏览了解了解。
2.配置
Mascot服务器蛋白搜库功能：
2.1在线版本
这里主要介绍串联质谱检索方法MS/MS Ions Search。点击进入Perform search
对主要的参数进行配置，比如数据库，物种，酶切，漏切，可变修饰，固定修饰，一二级误差及其单位，肽段价态，上传文件及格式，是否构建反库等。以下是一个简单的配置示例，仅供参考：
2.2 服务器版本
如果mascot部署已部署在本地服务器（如我们厂搭建在了集群上），需要通过服务器端口对酶、修饰、物种数据库等参数进行配置，然后在Linux环境中运行。mascot配置界面如下：
例如对物种数据库进行配置Databasea Maintenance
当然，如果你已经建好了库，下次可以从中选择继续用就行。建好库的标志就是在MASCOT search status page中显示In use，在Linux中则出现seq.a00， seq.errors ， seq.fasta， seq.i00， seq.s00， seq.stats等文件
mascot服务器在Linux中的搭建和配置是比较复杂的，安装和配置指南我提供了一个文件供参考：
链接: https://pan.baidu.com/s/1IXkPqQ5k-Q-Y0bvvDga6mw
提取码: 5m1a
3.运行
3.1 在线版本
上传mgf谱图文件，点击start search即可进行在线检索，但这个检索支持的谱图数非常有限，体验一下即可。
PS：第一次提交不会立即执行，会发送消息到邮件需要你验证，然后再配置运行。
3.2 服务器版本
Linux服务器版本，配置好数据库及其他参数后，可调用以下命令：
nph-mascot.exe 1 -commandline -f test.dat < test.asc
得到mascot鉴定结果，并通过mascot提供的解析脚本export_dat.pl，得到进一步的详细结果：
perl export_dat.pl file=test.dat do_export=1 prot_hit_num=1 prot_acc=1 pep_query=1 pep_rank=1 pep_isbold=1 pep_isunique=1 pep_exp_mz=1 _quant_protein_ratio_type=median _quant_outliers_method=auto _min_precursor_charge=1 _quant_min_num_peptides=2 _quant_unique_pepseq=1 _quant_pep_threshold_type="at least identity" _quant_norm_method=median export_format=CSV _sigthreshold=0.05 _ignoreionsscorebelow=0.05 report=AUTO _server_mudpit_switch=0.000000001 show_same_sets=1 _requireboldred=1 search_master=1 show_header=1 show_decoy=1 show_mods=1 show_params=1 show_format=1 protein_master=1 prot_score=1 prot_desc=1 prot_mass=1 prot_matches=1 prot_cover=1 prot_seq=1 prot_quant=1 peptide_master=1 pep_exp_mr=1 pep_exp_z=1 pep_calc_mr=1 pep_delta=1 pep_start=1 pep_end=1 pep_miss=1 pep_score=1 pep_homol=1 pep_ident=1 pep_expect=1 pep_seq=1 pep_var_mod=1 pep_scan_title=1 pep_quant=1 use_homology=1 > test.csv
4.结果
一般而言，mascot得到的鉴定结果是.dat文件（当然也导出其他格式）。dat源文件比较复杂，常人是看不懂的（截取部分）：
这时就有很多其他软件来对dat进行解析处理或者可视化。
对于官网提供的在线版本，mascot将结果生成了一份在线报告形式，清晰易懂。我这里就对结果不进行过多解释，不明白的地方也可查看help。
当然，我们也可以将dat文件导入如iQuant软件进行标记定量，或者导入PDV等谱图可视化软件来进行鉴定结果查看。
Ref：
http://www.cloudscientific.com/plus/view.php?aid=11
https://www.bio-equip.com.cn/show1equip.asp?equipid=439471
蛋白质组学鉴定定量系列软件总结：
【1】蛋白鉴定软件之X!Tandem
【2】蛋白鉴定软件之Comet
【3】蛋白鉴定软件之Mascot
【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus
【5】蛋白质组学鉴定定量软件之PD
【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant