【豆科基因组】木豆Pigeonpea (Cajanus cajan) 292个自然群体重测序2017NG

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• 一、来源
• 二、结果

一、来源

Whole-genome resequencing of 292 pigeonpea accessions identifies genomic regions associated with domestication and agronomic traits.
Nat Genet. 2017 Jul;49(7):1082-1088. doi: 10.1038/ng.3872. Epub 2017 May 22.

单位：ICRISAT

二、结果

292 份木豆种质多样性概述。
(a) 166 个地方品种（以蓝色表示）和 7 个野生种质（以红色表示）采集地点的地理分布。 地图绘制软件 ESRI 2004 。
(b) 292 份材料的 PCA，包括 117 个育种品系、166 个地方品种、 7 个野生种质和 2 个没有在全基因组重测序数据中检测到 SNP信息的种质（没有SNP怎么做的？）。
(c) 邻接树。166 个地方品种以蓝色表示，117 个育种品系为绿色，另外 2 个为粉红色和 7 个野生物种种质。

Control-FREEC (ver 7.0)鉴定CNVs。
PAV鉴定：因为木豆是二倍体，所以拷贝数2作为阈值。拷贝数大于2代表gain，小于2代表loss。

Circos图。
(1) 11条假染色体（CcLG01 - CcLG11）。
(2) 序列覆盖。 覆盖范围是 0-40,000（绿色，>20,000；红色，<20,000）。
(3) 绿色方块、深色阴影圆圈和红色三角形分别代表育种品系、地方品种和野生种的 SNP 区域。 SNP 轴的范围是 0-36,000（绿色方块，>24,000；深色阴影圆圈，12,000–24,000；红色三角形，<12,000）。
(4)Indel轴的范围为0-3,500；浅紫色，插入；深紫色，缺失。

这里CNV和PAV的归类没搞明白

百粒重、50% 开花天数和株高的GWAS。SUPER GWAS检测 MTA。

这篇文章研究的重点是在选择性消除扫描基础上，发现几个基因组区域可能是驯化和育种的目标。
例如在 CcLG09 上经历了选择性扫描。在从野生木豆驯化过程中，木豆的遗传瓶颈程度很强，但从地方品种到育种品系的过程中要温和得多。

5年前的NG还是相对简单些。所选材料的数据其实也不是很好，聚类比较散，难就难在如何解释数据。做得还是很细致的，演绎了如何把一手烂牌打好。值得学习。