MySQL 5.6正式版发布了，相对于5.5版本作出了不少改进，其源码安装配置方式也有所变化，本文根据实际操作，不断尝试，精确还原了安装的具体步骤。
环境：CentOS 6.3/6.4 最小化缺省安装，配置好网卡。
安装MySQL前，确认Internet连接正常，以便下载安装文件。
先使用 yum -y update 指令升级系统到最新版本。
本安装将MySQL的数据文件与执行文件分离，如果你打算设置到不同的路径，注意修改对应的执行命令和数据库初始化脚本。
＃ 修改防火墙设置，打开3306端口
vi /etc/sysconfig/iptables
-A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 3306 -j ACCEPT
＃ 重启防火墙使新设置生效
service iptables restart
＃ 新增用户组
groupadd mysql
＃ 新增用户
useradd mysql -g mysql
＃ 新建数据库执行文件目录
mkdir -p /usr/local/mysql
＃ 新建数据库数据文件目录
mkdir -p /db/mysql/data
＃ 编辑PATH搜索路径
vi /etc/profile
Append these 2 lines to the end of the file:
PATH=/usr/local/mysql/bin:/usr/local/mysql/lib:$PATH
export PATH
＃ 生效PATH搜索路径
source /etc/profile
＃ 编辑hosts文件，加入本机IP和主机名
vi /etc/hosts
192.168.211.100 centhost.centdomain
＃ 安装编译源码所需的工具和库
yum -y install wget gcc-c++ ncurses-devel cmake make perl
＃ 进入源码压缩包下载目录
cd /usr/local/src
＃ 下载源码压缩包，下载包34M大小，有点慢，等吧。
wget http://dev.mysql.com/get/Downloads/MySQL-5.6/mysql-5.6.10.tar.gz/from/http://cdn.mysql.com/
＃ 解压缩源码包
tar -zxvf mysql-5.6.10.tar.gz
＃ 进入解压缩源码目录
cd mysql-5.6.10
＃ 从mysql5.5起，mysql源码安装开始使用cmake了，执行源码编译配置脚本。
cmake \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/mysql \
-DMYSQL_UNIX_ADDR=/usr/local/mysql/mysql.sock \
-DDEFAULT_CHARSET=utf8 \
-DDEFAULT_COLLATION=utf8_general_ci \
-DWITH_MYISAM_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_INNOBASE_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_ARCHIVE_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_BLACKHOLE_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_MEMORY_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_READLINE=1 \
-DENABLED_LOCAL_INFILE=1 \
-DMYSQL_DATADIR=/db/mysql/data \
-DMYSQL_USER=mysql \
-DMYSQL_TCP_PORT=3306
＃ 编译源码，这一步时间会较长，耐心等待。
make
＃ 安装
make install
＃ 清除安装临时文件
make clean
＃ 修改目录拥有者
chown -R mysql:mysql /usr/local/mysql
chown -R mysql:mysql /db/mysql/data
＃ 进入安装路径
cd /usr/local/mysql
＃ 执行初始化配置脚本，创建系统自带的数据库和表。
scripts/mysql_install_db --user=mysql --datadir=/db/mysql/data
初始化脚本在 /usr/local/mysql/my.cnf 生成了配置文件。需要更改该配置文件的所有者：
chown -R mysql:mysql /usr/local/mysql
多说两句：在启动MySQL服务时，会按照一定次序搜索my.cnf，先在/etc目录下找，找不到则会搜索"$basedir/my.cnf"，在本例中就是 /usr/local/mysql/my.cnf，这是新版MySQL的配置文件的默认位置！注意：在CentOS 6.4版操作系统的最小安装完成后，在/etc目录下会存在一个my.cnf，需要将此文件更名为其他的名字，如：/etc/my.cnf.bak，否则，该文件会干扰源码安装的MySQL的正确配置，造成无法启动。
＃ 复制服务启动脚本
cp /usr/local/mysql/support-files/mysql.server /etc/init.d/mysql
＃ 启动MySQL服务
service mysql start
# 设置开机自动启动服务
chkconfig mysql on
# 修改MySQL用户root的密码
mysql -u root
mysql>use mysql;
mysql>GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO root@"%" IDENTIFIED BY "root";
mysql>update user set Password = password('123456') where User='root';
mysql>flush privileges;
mysql>exit;
# 可选：运行安全设置脚本，修改MySQL用户root（不是系统的root!）的密码，禁止root远程连接（防止破解密码），移除test数据库和匿名用户，强烈建议生产服务器使用：
/usr/local/mysql/bin/mysql_secure_installation
后记：
2013年3月18日更新：
如果要使Windows平台下的MySQL和Linux平台下的MySQL协同工作，你需要设置Linux平台下的全局变量lower_case_table_names=1，强制将数据表名称转换为小写（大小写不敏感）。参考我另一篇博文：http://www.cnblogs.com/jlzhou/archive/2013/03/18/2966106.html