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  • Hi-C互作热图作图神器-HiCPlotter

    摘要

    HiCPlotter is a Python data visualization tool for integrating different data types with interaction matrixes

    安装

    git clone https://github.com/akdemirlab/HiCPlotter.git
    

    使用

    # 全基因组作图
    python HiCPlotter/HiCPlotter.py -f 
    hic/6a_rep1_cut9bp/hic_results/matrix/sample1/iced/1000000/sample1_1000000_iced.matrix(对应分辨率的标准化矩阵)
    -o 6a_rep_cut9bp(输出文件名前缀) -r 1000000(分辨率) -tri 1 -bed 
    hic/6a_rep1_cut9bp/hic_results/matrix/sample1/raw/1000000/sample1_1000000_abs.bed(对应分辨率的互作绝对值矩阵)
    -n 6a_rep(图中标题) -wg 1(是否绘制全基因组) -chr NC_006088.5(全基因组按顺序的最后一个染色体/scaffold)
    # 个别染色体作图
    python HiCPlotter/HiCPlotter.py -f 
    hic/cau_silkie/hic_results/matrix/3sampleIn1_notreat/iced/500000/3sampleIn1_notreat_500000_iced.matrix 
    -o silkie_chr1 -r 500000 -tri 1 -bed 
    hic/cau_silkie/hic_results/matrix/3sampleIn1_notreat/raw/500000/3sampleIn1_notreat_500000_abs.bed 
    -n silkie_chicken_chr1 -chr Scaffold_1
    

    出图

    全基因组

    image

    个别染色体

    image

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/johnsonzzz/p/15127029.html
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