Tomcat是Apache基金会提供的Servlet容器，它支持JSP, Servlet和JDBC等J2EE关键技术，所以用户可以用Tomcat开发基于数据库，Servlet和JSP页面的Web应用，这是没有问题的。
但是，Tomcat却不是EJB容器；也就是说，Tomcat不支持J2EE的重要技术之一，EJB。那么，使用EJB组件开发的Web应用程序就无法在Tomcat下面运行。众所周知，EJB是分布式应用程序的核心技术，所以说凡是需要使用EJB来开发的应用（例如，银行、电信等大型的分布式应用系统）就不能用Tomcat了。这也就是很多公司不选择Tomcat的原因。
至于支持EJB的应用服务器，Weblogic( Oracle), WebSphere（IBM)和JBoss( Redhat)都是符合J2EE规范的EJB容器，所以都可以用来开发大型的分布式应用程序。
所以，原则上来说，只要你要开发基于EJB组件的应用，上述三种任选一个都是可以的。唯一的区别是，Weblogic和WebSphere都是付费的，JBoss是开源免费的。
很多公司为了省钱，选择了JBoss作为应用服务器，但是，开源免费也就意味着厂商不会为终端用户直接负责；所以，当JBoss服务器出现任何问题......元芳，你怎么看？
总的来说，Weblogic和WebSphere还有JBoss都有人用，但是很多公司拿着这些大玩意儿实际上干的也只是Tomcat级别的项目，所以如此一来，差别也就不大了
摘抄自http://bbs.csdn.net/topics/390247394