原因就不多说了，，，，
直接上干货。
1. 备份数据库
mysqldump -q -uroot -ppassword --add-drop-table --all-databases >all1.sql
2.停止服务
service mysqld stop
3. 修改/etc 下面的配置文件(可选)
vi /etc/my.cfg 再该文件下加入mysqld 下加入 innodb_file_per_table=1 #该步骤可以不要，看自己怎么设定，如果想要每个数据库有自己的数据文件就必须要这一步骤，如果能够接受 多个数据库共享一个数据文件，可以不要该步骤
4.删除 idata1 等文件
rm -f ibdata1 ib_logfile* #删除原来的ibdata1文件及日志文件ib_logfile
5.启动服务，还原数据库
service mysqld start （启动数据）
mysql -uroot -proot <all1.sql （还原数据库）
如果数据量非常大， 都有15G 以上， 你对时间又有要求，那么建议你使用 load 工具包.