受篝火的启发，本目录结构为：
application/
archives/
cache/
config/
controllers/
core/
db/
backups/
migrations/
errors/
helpers/
hooks/
language/
libraries/
logs/
models/
modules/
third_party/
views/
elite/
codeigniter/
helpers/
libraries/
migrations/
modules/
install/
public/
assets/
cache/
css/
images/
js/
index.php
install/
index.php
themes/
admin/
default/
tests/
bugs/
controllers/
helpers/
libraries/
models/
simpletest/unit_test.php
views/
Application
Application文件夹将是以后主要需要关注的地方，他包含了所开发应用的所有控制器、类库、helper、模型。以及需要使用的模块.
elite已尽可能的将其核心代码移出application文件夹，但是由于ci和HMVC模式的限制，一些代码仍然处于application文件夹中。如：MY_Controller等。
application文件夹更多情况下有特定的应用，除过elite的一些代码外，其子文件夹结构和标准CI的application相同。
DB 文件夹
此文件夹存储两样东西，一个是使用的内置的数据库备份功能的备份文件。另一个是保存指定应用的迁移文件。
Modules 文件夹
此文件夹保存所有为特定应用程序创建的模块。每个模块均需要有自己唯一的名称。
elite
此文件夹包含elite核心文件，以及CI的文件
- helpers - 核心helpers.
- libraries - 核心类库,如Assets和Template类库.
- migrations -
- modules - 所有的核心模块（在可能开发的所有应用程序通用的模块，如用户管理，权限，日志管理等等）.
Install
该文件夹保存安装文件夹，一旦安装完成，需要移除该文件夹
Public
该文件夹保存可以从web直接访问的文件，可以使用域名指向它。
- assets - 用于存放脚本, 图片,css样式.
- themes - 用于存放管理和前端主题.