python re 正则匹配 split sub

import re

编译：

motif=‘([ST])Q’

seq="SQAAAATQ"

regrex=re.compile(motif) #编译成正则对象

regrex=re.compile(motif,re.IGNORECASE) #编译成正则对象,忽略大小写

匹配：

sea=regrex..search(seq) #返回第一次的匹配对象

mat=regrex.match(seq)#从序列开始位置寻找正则匹配对象

all=regrex.findall(seq)#返回包含所有匹配的子字符串的列表 。如果匹配有两个以上的有括号()group，返回的是由group元组的列表 [(group1,group2),(...)]，每个元组是一个匹配项 。如果只有一个括号组，则返回匹配括号组成的列表见例子

ier=regrx.finditer(seq)#返回所有匹配对象的迭代器

 for i in iter:

     print i.group()  #group()返回匹配对象字符串内容 

    print i.group(1) #返回匹配到的子组

     print i.span()  #返回匹配对象的包含对象的元组

     print i.start()  #返回匹配对象的起始位置

     print i.end()  #返回匹配对象的终止位置

匹配到后修改字符串

1.split字符串

separator=re.compile('|')

anno=''A|B|C"

col=separator.split(anno)

2.替换内容

new=separator.sub("@",anno) # sub(r,s,[c]) 将s中匹配到的前c个'|'替换成@，默认全部替换

sublist=separator.subn("@",anno) #subn(r,s,[c]) 返回元组 （新的字符串，替代的数量）

finall 2个以上grop例子：

  str = 'purple alice@google.com, blah monkey bob@abc.com blah dishwasher'
  tuples = re.findall(r'([w.-]+)@([w.-]+)', str)
  print tuples  ## [('alice', 'google.com'), ('bob', 'abc.com')]
  for tuple in tuples:
    print tuple[0]  ## username
    print tuple[1]  ## host

输出：

[('alice', 'google.com'), ('bob', 'abc.com')]
alice
google.com
bob
abc.com

　　

findall 1个括号组 

import re
str = 'purple alice@google.com, blah monkey bob@abc.com blah dishwasher'
tuples = re.findall(r'([w.-]+)@[w.-]+', str)
print tuples  ## 
for tuple in tuples:
    print tuple[0]  ## username
    print tuple[1]  ## host

输出：　

['alice', 'bob']
a
l
b
o

忽视大小写：

re.search(pat, str, re.IGNORECASE)　

soapnuke 例子：

p = re.compile('S+_(1|2).(fq|fastq).gz')
if p.search(i):
    key = 'fq' + str(p.search(i).group(1))
    fqs[key] = i