1.所需文件下载
apktool工具包下载地址：
https://code.google.com/p/android-apktool/downloads/list
需要下载一个apktool的jar包以及 dependencies（辅助工具，分别有Windows，OSX，Linux版本）
2.安装操作
将apktool.jar放到辅助工具目录下，也就是和apktool、aapt放到一起.进入apktool-install-macosx-r05-ibot目录下，在终端输入sh apktool：
HuangdeMacBook-Pro:apktool-install-macosx-r05-ibot huangxufeng$ sh apktool
显示结果：
Apktool v1.5.2 - a tool for reengineering Android apk files
Copyright 2010 Ryszard Wiśniewski <brut.alll@gmail.com>
with smali v1.4.1, and baksmali v1.4.1
Updated by @iBotPeaches <connor.tumbleson@gmail.com>
Apache License 2.0 (http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0)
Usage: apktool [-q|--quiet OR -v|--verbose] COMMAND [...]
COMMANDs are:
d[ecode] [OPTS] <file.apk> [<dir>]
Decode <file.apk> to <dir>.
OPTS:
-s, --no-src
Do not decode sources.
-r, --no-res
Do not decode resources.
-d, --debug
Decode in debug mode. Check project page for more info.
-b, --no-debug-info
Baksmali -- don't write out debug info (.local, .param, .line, etc.)
-f, --force
Force delete destination directory.
-t <tag>, --frame-tag <tag>
Try to use framework files tagged by <tag>.
--frame-path <dir>
Use the specified directory for framework files
--keep-broken-res
Use if there was an error and some resources were dropped, e.g.:
"Invalid config flags detected. Dropping resources", but you
want to decode them anyway, even with errors. You will have to
fix them manually before building.
b[uild] [OPTS] [<app_path>] [<out_file>]
Build an apk from already decoded application located in <app_path>.
It will automatically detect, whether files was changed and perform
needed steps only.
If you omit <app_path> then current directory will be used.
If you omit <out_file> then <app_path>/dist/<name_of_original.apk>
will be used.
OPTS:
-f, --force-all
Skip changes detection and build all files.
-d, --debug
Build in debug mode. Check project page for more info.
-a, --aapt
Loads aapt from specified location.
if|install-framework <framework.apk> [<tag>] --frame-path [<location>]
Install framework file to your system.
For additional info, see: http://code.google.com/p/android-apktool/
For smali/baksmali info, see: http://code.google.com/p/smali/
3.decode命令
将需要反编译的Apk包放到apktool-install-macosx-r05-ibot文件夹下，在终端中进入apktool-install-macosx-r05-ibot目录下，
输入 ./apk d 你要反编译的Apk名 ，回车完成后，在该文件夹下就会生成一个与Apk同名的文件夹，里面既为反编译出来的Smali和各种资源文件。
4.build命令
修改完反编译文件，需要重新打包回Apk，和decode一样，需要在apktool-install-macosx-r05-ibot目录下，
输入 ./apk b 你要打包成Apk的反编译文件夹（即刚用decode生成的文件夹，与Apk同名）
5.Apk签名－创建.keystore文件
build生成的Apk是不含Android应用签名的，只有含有合法有效的应用签名的Apk才能在Android上安装。
Mac下可以使用keytool生成.keystore文件
终端输入：
keytool -genkey -keystore hxf.keystore -keyalg RSA -validity 10000 -alias hxf.keystore
这里hxf.keystore是生成的Keystore证书文件名，-alias是别名。
接下来在终端下根据流程输入如下信息
输入密钥库口令:
再次输入新口令:
您的名字与姓氏是什么?
[Unknown]: kyokuhuang
您的组织单位名称是什么?
[Unknown]: ssdut
您的组织名称是什么?
[Unknown]: dlut
您所在的城市或区域名称是什么?
[Unknown]: Dalian
您所在的省/市/自治区名称是什么?
[Unknown]: Liaoning
该单位的双字母国家/地区代码是什么?
[Unknown]: CN
CN=huangxufeng, OU=dlut, O=ssdut, L=dalian, ST=liaoning, C=china是否正确?
[否]: y
至此，安全证书生成。
6.为Apk签名
Mac下使用jarsigner签名应用
终端输入：jarsigner -verbose -keystore hxf.keystore -signedjar 签名后的应用名.apk -digestalg SHA1 -sigalg MD5withRSA 签名前的应用名.apk hxf.keystore。
注意这边最后一个hxf.keystore是安全证书别名，应和上面创建证书的 -alias 后面的参数保持一致。
这样，jarsigner会使用你生成好的证书hxf.keystore对应用进行签名。
至此，你的应用已经可以在Android上正常安装并运行。
7.zipalign对齐，如果你的应用需要上传GooglePlayStore，则必须对齐。
终端命令：zipalign -v 4 输入文件名.apk 输出文件名.apk
附：Dalvik字节码和smali文件相关内容推荐看一下这篇文章，写得很全
http://blog.csdn.net/lpohvbe/article/details/7981386