两个project：A, B; 工程 A 的 Jersey 服务是正常的， 工程 B 的 Jersey 服务是不正常的；如果工程 B 不存在的话， 工程 A 的 Jersey 服务可以在 Tomcat 上正常运行；如果工程 B 存在时， 这时在 Tomcat 上运行工程 A 的 Jersey 服务会报错误：Tomcat throws ClassNotFound exceptions for classes.
解决办法：Window -> show View -> Servers -> 双击 Tomcat v8.0 Server at localhost (我的 Tomcat 版本是 8.0)，这时打开了 Overview 界面，在该界面的左下角有个 Modules 标签，单击它， 这时打开了 Web Modules 界面，这时只选中你当前需要运行的 Module，其他的 Module 全部 Remove 掉，然后重新运行你的工程即可。
PS : 本人 Eclipse Java EE 的版本为：Version: Mars.1 Release (4.5.1)