WebApplication编程模型的优点：
●网站编译速度快，使用了增量编译模式，仅仅只有文件被修改后，这部分才会被增量编译进去。
●生成的程序集
WebSite：生成随机的程序集名，需要通过插件WebDeployment才可以生成单一程序集
WebApplication：可以指定网站项目生成单一程序集，因为是独立的程序集，所以和其他项目一样可以指定应用程序集的名字、版本、输出位置等信息
●可以将网站拆分成多个项目以方便管理
●可以从项目中和源代码管理中排除一个文件
●方便的支持VSTS的Team Build方便每日构建
●更强大的代码检查功能，并且检查策略受源代码控制
●可以对编译前后进行自己规定的处理
WebSite编程模型的优点：
●动态编译该页面，马上可以看到效果，不用编译整个站点（主要优势）
●同上，可以使错误的部分和使用的部分不相干扰（可以要求只有编译通过才能签入）
●可以每个页面生成一个程序集（一般不会采用这种方式）
●可以把一个目录当做一个Web应用来处理，直接复制文件就可以发布，不需要项目文件（适合小站点）
●可以把页面也编译到程序集中（应该用不到，而且WebApplication也可以通过WebDeployment插件来实现）
还有一些不同和相同的地方：
都是设计网页的。
都可以添加ASP.Net文件夹
web应用程序Default.aspx显示有两个原有文件及Default.aspx.cs和Default.aspx.designer.cs；Web网站Default.aspx显示
有一个原有文件Default.aspx.cs。
web应用程序有重新生成和发布两项；Web网站只有一个发布网站。
web应用程序和一般的winform没有什么区别都有引用的是命名空间等；
Web网站在引用后出现一个bin文件夹那里存放dll和pdb文件。
web应用程序可以作为类库被引用；Web网站则不可以作为类库被引用。
web应用程序可以添加ASP.Net文件夹中不包括bin、App_Code；Web网站可以添加ASP.Net文件夹包括bin、App_Code。
web应用程序还可添加组件和类；Web网站则没有。
源文件虽然都是Default.aspx.cs但是web应用程序有命名空间，多了一项System.Collections空间引用。
Web应用程序在修改了页面底层的代码之后需要重新进行编译， 而网站不需要重新编译
网站可以添加APS文件夹，Web应用程序不可以
Web应用程序的项目会生成Dll文件
网站在发布的时候，会自动生成Dll文件，但是每次的Dll文件名都不一样
Web应用程序会有解决方案和项目文件
最表面的区别就是你部署的时候 方式不同
应用程序你只需要页面和bin文件夹里面的dll文件
网站你则还需要把页面的后台文件一起部署
相对而言，大网站比较适合Web Application项目，小网站比较适合Web Site项目。