严格来讲，linux这个词本身只表示linux内核，但在实际上人们已经习惯了用linux来形容整个基于linux内核，并且使用gnu 工程各种工具和数据库的操作系统。基于这些组件的linux软件被称为linux发行版。一般来讲，一个linux发行套件包含大量的软件，比如软件开发工具，数据库，web服务器（例如apache)，x window，桌面环境（比如gnome和kde），办公套件（比如openoffice.org），等等。
绝大多数基于linux内核的操作系统使用了大量的gnu软件，包括了一个shell程序、工具、程序库、编译器及工具，还有许多其他程序，例如emacs。正是由于linux使用了许多gnu程序，gnu计划的开创者richard
stallman博士提议将linux操作系统改名为gnu/linux。但有些人只把操作系统叫做"linux"。
有部分linux套件，包括了debian，采用了“gnu/linux”的称呼。但大多数商业linux套件依然将操作系统称为linux。有些人也认为“操作系统”一词指的应该只是系统的内核，其他程序都只能算是应用软件，这么一来，该操作系统的内核应叫linux，而linux套件是在linux内核的基础上加入各种gnu工具。
平时用到的是linux发行版，也就是linux/gnu。
为保证gnu软件可以自由地“使用、复制、修改和发布”，所有gnu软件都在一份在禁止其他人添加任何限制的情况下授权所有权利给任何人的协议条款，gnu通用公共许可证（gnu general public license，gpl）。这个就是被称为“反版权”（或称copyleft）的概念。