之前我有过一篇16s基本概念和数据分析的文章。16S 基础知识、分析工具和分析流程详解
可以分成两部分，生物层面和技术层面。
生物层面：
1. 肠道微生物里面包含了哪些微生物？显然包含了所有层面的微生物：细菌、古细菌和真菌。
2. 肠道微生物是如何从母体遗传向下一代的？成熟的肠道微生物群体是如何逐步形成的？环境因素占比多少？
3. 肠道微生物是通过什么来影响疾病的？
4. 目前常见的肠道微生物层面的治疗方案有哪些？疗效如何？哪些病是纯粹由肠道微生物引起的？
技术层面：
1. 什么是16s测序、宏基因组？
2. 代谢组学的应用？
3. 关联分析是什么？
4. 还有哪些重要的技术在引领着肠道微生物的飞速发展？
宏基因组测序 代谢组 关联分析
2010 - A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing - 王俊
Fate, activity, and impact of ingested bacteria within the human gut microbiota
The Human Gut Microbiome – A Potential Controller of Wellness and Disease
Gut Microbiota: An Integral Moderator in Health and Disease
Gut Microbiota in Health and Disease
Metagenome-wide association studies: fine-mining the microbiome - 王俊
过去曾经将古菌和细菌一同归为原核生物，并将其命名为“古细菌”，但这种分类方式已过时[4]。事实上古菌有其独特的进化历程，并与其它生命形式有显著的生化差异，所以现在将其列为三域系统中的一个域。在这个系统中，古菌、细菌与真核生物各为一个域，并进一步划分为界与门。
人的遗传，自身的DNA（染色体、线粒体）并不能解释所有的表型变异，就算有88%，那么还有12%归结于环境。考虑到肠道微生物，子代可以继承母亲的肠道微生物，这不也似一个层面的遗传吗？可以衡量出肠道微生物占比多少吗？
The relationship between the human genome and microbiome comes into view
后面会把这些内容串起来，其实很难了，现在肠道微生物的研究太广泛了。