序列搜索/启动子分析/同源建模（转）

转自：果子学生信 微信公众号

第一题：利用核酸和蛋白质数据库下载“Homo sapiens apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3A (APOBEC3A)”的核酸序列和蛋白质序列，在核酸水平上分析启动子序列，并进一步对蛋白质的结构进行同源建模

解答：

1. 查询APOBEC3A的核酸和蛋白质序列
2. 在核酸水平上分析启动子序列
3. 对蛋白质进行同源建模

1.1 找核酸序列

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1.NCBI搜

2.查DNA序列，选human

3.进入

4.往下找FASTA

5.得到序列

1.2 找mRNA序列

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1. NCBI搜

2.选人的

3.选FASTA

4.得到序列

1.3 找蛋白质序列

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1.NCBI搜

2.选人的

3.找FASTA

 

2.1 找出启动子序列

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1.查找基因，进入Map Viewer

2.进入dl

3.表示基因在染色体上的位置

4.

5.改坐标，从-2000-+200

6.即为所要

另一种办法：

1.选GenBank

2.正向的序列前面数字-2000，反向的后面数字+2000

3.更新

4.保存为FASTA格式，后面会用到

2.2 找出转录因子的结合位点

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问题：找出转录因子c-Myc与基因APOBEC3A的TFBS

1.进入JASPAR数据库，检索

2.粘贴前面的完整的FASTA序列，包括序列名称信息，勾选，开始扫描

3.strand为-1的无意义，选分数高的

3.1 利用同源建模法预测蛋白质结构

蛋白质三级结构比一级结构保守得多，所以可以通过数据库比对找到同源序列，从而预测出某蛋白质的三维结构

1.打开SWISS-MODEL数据库

2.start modeling，填入蛋白质序列，build model

3.结果很多很复杂，需要慢慢看