读写生信流程必备的 Perl 语法

最早就是写Perl的，后来来到公司转Python，现在又要负责流程了，开始重拾Perl，当然是借鉴别人现有的语法，我再重新组合。

基本语法就不介绍了，参照我之前文章 Perl

 

模块

use strict;

 

use File::Path;

【Perl】Path::File 目录的创建和删除

内置模块，导入之后就可以随时创建和删除目录了，mkpath("LZX")；rmtree("LZX")；

 

use Getopt::Long;

perl 中的有关控制参数的模块，参考：在Perl中使用Getopt::Long模块来接收用户命令行参数

 

my $usage = <<USAGE;
Description: main pipeline for metagenomic analysis based on IGC, version 2016a
USAGE

USAGE 在这里通俗讲就是一个标记，它用来标记一段文字（一般都是多行的，省得编码麻烦，用"<<"加上一个标记就可以把一大段代码存入到一个变量中去了）；$usage = <<USAGE 的意思就是说：下一行开始，直到遇见“USAGE”为止，所有的字符都按照指定的格式存入变量usage中。你可以用EEE，MAMA等等其他的名字都可以，就是一个标记而已，它的作用就是简化输入。

一般都有后续，die $usage if (!$conf || !$rawFqList || $help);

类似open(MYFILE, "myfile") || die "Cannot open myfile: $!/n"; 程序结束，打印$usage 标量。

 

use File::Basename;

perl File::Basename 模块

File::Basename 模块 从文件名中抽取基名，取不包括路径的文件名。

 

use FindBin '$Bin';

use Cwd qw(abs_path);

[Perl]如何取绝对路径:FindBin模块和Cwd模块用法和区别

通过FindBin qw($Bin)获取的是脚本所在目录的绝对路径
通过Cwd qw(abs_path getcwd)获取的是运行脚本时所在的目录的绝对路径

$outdir = abs_path $outdir;

 

use Config::General;

Config::General

 

语法

return %hash

参考：Perl引用reference（运算符）

 

my %config = %$config;

my @array2 = @{$array_r};  #拷贝了数组

对引用变量解引用通过{$var_r}实现；

 

 

$outdir ||= "./";

=~是正则匹配运算符，||=是或等赋值运算符。表示如果$outdir为非false，那么$outdir还是$outdir，否则，$outdir被赋值为./。

 

正则表达式

 

 

notepad++使用技巧

我喜欢用notepad++来写perl代码，默认绑定.pl后缀

注释

快捷键如下：

单行、多行注释   //方式  ：ctrl+k

区块注释  / * * /方式 ：ctrl+q

取消单行、多行、区块注释  ：ctrl+shift+k

如果感觉默认的快捷键不方便，可以修改成自己习惯的快捷键：设置-管理快捷键-Mainmenu选项卡下的第42-44项是上述快捷键选中某项，点击下面的modify就可以换成自己习惯的方式啦~