首先我们知道MyISM和InnoDB索引都是由B+树实现的，但在索引管理数据方式上却有所不同。
InnoDB是聚集索引，数据文件是和（主键）索引绑在一起的，即索引 + 数据 = 整个表数据文件，通过主键索引到整个记录，必须要有主键，通过主键索引效率很高。但是辅助索引需要两次查询，因为辅助索引是以建索引的字段为关键字索引到主键，所以需要两次，先查询到主键，然后再通过主键查询到数据。因此，主键不应该过大，因为主键太大，其他索引也都会很大。话不多说上图：
主键索引：以主键索引到整条记录
辅助索引：以另一字段索引到主键
MyISAM是非聚集索引，也是使用B+Tree作为索引结构，索引和数据文件是分离的，索引保存的是数据文件的指针。主键索引和辅助索引是独立的。也就是说：InnoDB的B+树主键索引的叶子节点就是数据文件，辅助索引的叶子节点是主键的值；而MyISAM的B+树主键索引和辅助索引的叶子节点都是数据文件的地址指针。
主键索引：以关键字索引到记录的地址
辅助索引：以某字段索引到记录地址
从索引实现方面我们也可以看出来InnoDB表数据文件本身就是索引文件，他们是一个整体，而对于MyISAM来说数据文件和索引文件则是分开的。
锁方面：
mysql支持三种锁定级别，行级、页级、表级;
MyISAM支持表级锁定，提供与 Oracle 类型一致的不加锁读取(non-locking read in SELECTs)
InnoDB支持行级锁，但值得注意的是InnoDB的行锁是加到索引上的，所以在某次查找时没有用上索引，InnoDB表同样会锁全表。
事务方面：
InnoDB具有事务，支持4个事务隔离级别，回滚，崩溃修复能力和多版本并发的事务安全，包括ACID。如果应用中需要执行大量的INSERT或UPDATE操作，则应该使用InnoDB，以事务为单位操作可以提高多用户并发操作的性能。
MyISAM管理非事务表。它提供高速存储和检索，以及全文搜索能力。如果应用中需要执行大量的SELECT查询，那么MyISAM是更好的选择
并发
MyISAM读写互相阻塞：不仅会在写入的时候阻塞读取，MyISAM还会在读取的时候阻塞写入，但读本身并不会阻塞另外的读。
InnoDB 读写阻塞与事务隔离级别相关。
其他
InnoDB不保存表的具体行数，执行select count(*) from table时需要全表扫描。而MyISAM用一个变量保存了整个表的行数，执行上述语句时只需要读出该变量即可，速度很快；
不使用到索引的情况：
用or分隔开的条件，如果or前的条件中的列有索引，而后面的列没有索引，那么涉及到的索引都不会被用到，例如：select * from table_name where key1='a' or key2='b';如果在key1上有索引而在key2上没有索引，则该查询也不会走索引
复合索引，如果索引列不是复合索引的第一部分，则不使用索引（即不符合最左前缀），例如，复合索引为(key1,key2),则查询select * from table_name where key2='b';将不会使用索引
如果like是以‘%’开始的，则该列上的索引不会被使用。例如select * from table_name where key1 like '%a'；该查询即使key1上存在索引，也不会被使用
如果列为字符串，则where条件中必须将字符常量值加引号，否则即使该列上存在索引，也不会被使用。例如,select * from table_name where key1=1;如果key1列保存的是字符串，即使key1上有索引，也不会被使用。
where语句中使用 <>和 !=。