MinGW 的主要方向是让GCC的Windows移植版能使用Win32API来编程。MinGW几乎支持所有的Win32API。
Cygwin 的目标是能让Unix-like下的程序代码在Windows下直接被编译；使用Cygwin可以在Windows下调用Unix-like的系统函数。
Cygwin唯一和MinGW最大的区别在于，使用Cygwin可以在Windows下调用Unix-like的系统函数。比如进程函数，等等。所以，虽然Cygwin是运行在Windows下的，但是她还是使用的是Unix-like系统的函数和思想。
在cygwin下编译出来的程序需要cygwin.dll才能在windows下运行，源码拿到linux环境下重新编译就可以在linux下跑起来；mingw环境下编译出来的程序，只能在windows下跑，源码在linux环境下编译多半通不过。
1、从目标上说
MinGW 是让Windows 用户可以用上GNU 工具，比如GCC。
Cygwin 提供完整的类Unix 环境，Windows 用户不仅可以使用GNU 工具，理论上Linux 上的程序只要用Cygwin 重新编译，就可以在Windows 上运行。
2、从能力上说
如果程序只用到C/C++ 标准库，可以用MinGW 或Cygwin 编译。
如果程序还用到了POSIX API，则只能用Cygwin 编译。
3、从依赖上说
程序经MinGW 编译后可以直接在Windows 上面运行。
程序经Cygwin 编译后运行，需要依赖安装时附带的cygwin1.dll。
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