从层次上看，JDBC是较底层的持久层操作方式，而Hibernate和MyBatis都是在JDBC的基础上进行了封装使其更加方便程序员对持久层的操作。
从功能上看，JDBC就是简单的建立数据库连接，然后创建statement，将sql语句传给statement去执行，如果是有返回结果的查询语句，会将查询结果放到ResultSet对象中，通过对ResultSet对象的遍历操作来获取数据；Hibernate是将数据库中的数据表映射为持久层的java对象，实现数据表的完整性控制；MyBatis是将sql语句中的输入参数和输出参数映射为java对象，放弃了对数据表的完整性控制，但是获得了更灵活和响应性能更快的优势。
从使用上看，如果进行底层编程，而且对性能要求极高的话，应该采用JDBC的方式；如果要对数据库进行完整性控制的话建议使用Hibernate；如果要灵活使用sql语句的话建议采用MyBatis框架。