ncx文件是epub电子书的又一个核心文件，用于制作电子书的目录，其文件的命名通常为toc.ncx。
ncx文件是一个XML文件，该标准由DAISY Consortium发布（参见http://www.daisy.org）。
下列是一个toc.ncx文件的实例，其中红色部分为必需。<navMap>元素列出了目录的名称和链接地址。其子元素<navPoint>支持嵌套。
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<!DOCTYPE ncx PUBLIC "-//NISO//DTD ncx 2005-1//EN" "http://www.daisy.org/z3986/2005/ncx-2005-1.dtd">
<ncx version="2005-1" xmlns="http://www.daisy.org/z3986/2005/ncx/">
<head>
<!-- The following four metadata items are required for all NCX documents, including those conforming to the relaxed constraints of OPS 2.0 -->
<meta name="dtb:uid" content=" "/>
<meta name="dtb:depth" content="-1"/>
<meta name="dtb:totalPageCount" content="0"/>
<meta name="dtb:maxPageNumber" content="0"/>
</head>
<docTitle>
<text>数字档案馆理论与技术研究</text>
</docTitle>
<docAuthor>
<text>金更达</text>
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<navPoint id="navpoint-1" playOrder="1">
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<text>封面</text>
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<navPoint id="navpoint-2" playOrder="2">
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<text>序</text>
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<navPoint id="navpoint-3" playOrder="3">
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<text>目录</text>
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<navPoint id="navpoint-4" playOrder="4">
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<text>第一章绪论</text>
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<text>第一节数字档案馆：新世纪档案事业的发展方向</text>
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<text>第二节数字档案馆：新世纪档案工作的严峻挑战</text>
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<navPoint id="navpoint-7" playOrder="7">
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<text>第三节数字档案馆系统研究的理论价值与现实意义</text>
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</ncx>