从来没有想过反编译apk是来的如此方便，并且还可以修改后重新编译运行，这比在win下修改pe容易多了，感谢apktool和smali工具的作者提供这么好的工具。
跟踪apk一般的做法是在反编译的smali代码中插入log输出，然后重新编译运行看输出日志，这种方法费时费力，如果能够实时调试是最好的了。搜了一下，目前比较好的方法是使用NetBeans+DDMS。我尝试过可以调试，但不大认识NetBeans的操作，eclipse估计很多人都会吧，其实设置跟NetBeans大同小异。
调试步骤：
1.对apk使用apktool反编译出可调试的smali代码到out文件夹，目前apktool最新的版本是2.0.0b7。
java -jar apktool_2.0.0b7.jar d -d test.apk -o out
这里必须使用-d参数，这样反编译出来的代码后缀均是java，因为只有java文件才能被eclipse/netbeans识别调试。
2.设置调试标记和寻找主类
在输出的out文件夹中，用文本编辑工具打开AndroidManifest.xml，在application节点中设置属性android:debuggable="true"。
继续在AndroidManifest.xml中，搜索以下关键字
<intent-filter> <action android:name="android.intent.action.MAIN"/> <category android:name="android.intent.category.LAUNCHER"/> </intent-filter>
找到含有以上信息的activity节点，记录其android:name属性的值，该值则为其应用的主类。如下面的例子，主类为com.acids.helloworld.MainActivity。
<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="no"?> <manifest xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android" package="com.acids.helloworld"> <application android:debuggable="true" android:allowBackup="true" android:icon="@drawable/ic_launcher" android:label="@string/app_name" android:theme="@style/AppTheme"> <activity android:label="@string/app_name" android:name="com.acids.helloworld.MainActivity"> <intent-filter> <action android:name="android.intent.action.MAIN"/> <category android:name="android.intent.category.LAUNCHER"/> </intent-filter> </activity> </application> </manifest>
3.在主类的onCreate事件中添加调试等待。
用文本编辑工具打开主类文件，找到onCreate方法，在第一句前插入invoke-static {}, Landroid/os/Debug;->waitForDebugger()V，记得添加a=0;//的前缀保持上下一致，结果如下：
a=0;// # virtual methods a=0;// .method protected onCreate(Landroid/os/Bundle;)V a=0;// invoke-static {}, Landroid/os/Debug;->waitForDebugger()V a=0;// a=0;// .locals 1 a=0;// .param p1, "savedInstanceState" # Landroid/os/Bundle; a=0;// a=0;// .prologue a=0;// .line 11 a=0;// invoke-super {p0, p1}, Landroid/app/Activity;->onCreate(Landroid/os/Bundle;)V
4.保存文件，用apktool重新编译打包为debug.apk
java -jar apktool_2.0.0b7.jar b -d out -o debug.apk
5.对debug.apk签名(需要下载签名工具)，我把签名工具放在了signapk文件夹下，生成debug.sign.apk
java -jar .signapksignapk.jar .signapk estkey.x509.pem .signapk estkey.pk8 .debug.apk .debug.sign.apk
6.上传debug.sign.apk至手机或模拟器，然后安装并运行。这时你会看到程序运行后停留在白屏界面，这时不要动设备和退出程序，因为程序现在是运行到刚才添加的waitForDebugger代码这里，这行代码的意思是一直挂起中，等待调试器。
下面开始设置实时调试的环境。
7.启动eclipse，构建java项目
1) File -> New -> Project -> Java Project -> Next
2) Project Name随便起，Use default location选项去掉，Location选择out文件夹，然后Next
3) 把smali文件夹设为Source Folder，然后Finish
8.在eclipse中，打开第2步找到的主类，并找到onCreate方法，在waitForDebugger后面的第一个方法开始添加断点。如下图
9.打开DDMS（路径在%android-sdks% oolsddms.bat），如果在第6步中运行了修改后的程序，在DDMS的设备列表中会显示可以调试的程序。
对应程序最后一栏为8600/8700，其中8600即为调试该程序的端口。
10.现在要做的就是把代码与调试程序关联即可。 回到eclipse，配置远程调试
1) 菜单Run -> Debug -> Debug Configurations
2) 双击Remote Java Application，Host处默认localhost就行，Port填第10步得到的8600，然后Apply -> Debug。
11.这时eclipse自动切换至debug视图，并看到程序已经运行并中断在下一行可执行的代码了，相关的变量可以直接查看了。
总结
已经可以用eclipse调试smali了，上面的例子是从程序开头的地方开始调试，但要调试到自己所关心地方的代码处确实麻烦。建议先用jd-gui等软件直接查看反编译的java代码，确定要调试的位置后，再进入smali定位断点并实时调试，就可以事半功倍。如果不需要在程序的开头调试的话，建议把第三部的代码注释掉。
相关工具可以在这里下载
apktool: https://code.google.com/p/android-apktool/
dex2jar: https://code.google.com/p/dex2jar/
jd-gui: http://jd.benow.ca/