zoukankan      html  css  js  c++  java
  • plink软件中setmissingvarids @:#的作用

    1、测试数据

    [root@linuxprobe test]# ls
    test.map  test.ped
    [root@linuxprobe test]# cat test.map  ## 测试数据snpID为.
    1       .       0       55910
    1       .       0       85204
    1       .       0       122948
    1       .       0       203750
    1       .       0       312707
    1       .       0       356863
    1       .       0       400518
    1       .       0       487423
    [root@linuxprobe test]# cat test.ped
    DOR     1       0       0       0       -9      G A     G G     G G     G C     G G     C C     C C     G G
    DOR     2       0       0       0       -9      A A     G G     A G     C C     G G     G C     C C     G G
    DOR     3       0       0       0       -9      A A     G G     A G     G C     C G     C C     G G     G G
    DOR     4       0       0       0       -9      A A     G G     G G     G G     C G     G G     G G     G G
    DOR     5       0       0       0       -9      A A     G G     A G     G C     G G     C C     G G     G G
    DOR     6       0       0       0       -9      A A     G G     A A     C C     G G     C C     G G     G G
    DOR     7       0       0       0       -9      G G     G G     G G     C C     G G     C C     G G     A G
    DOR     9       0       0       0       -9      G G     G G     G G     C C     G G     C C     G G     A G

    2、

     plink --file test --set-missing-var-ids @:# --recode tab --out a ;rm *.log *.nosex
    [root@linuxprobe test]# cat a.map  ## 可见snpID发生变化
    1       1:55910 0       55910
    1       1:85204 0       85204
    1       1:122948        0       122948
    1       1:203750        0       203750
    1       1:312707        0       312707
    1       1:356863        0       356863
    1       1:400518        0       400518
    1       1:487423        0       487423
    [root@linuxprobe test]# md5sum *.ped
    09e293ef08104b377871b606816f52a6  a.ped
    09e293ef08104b377871b606816f52a6  test.ped
     plink --file test --set-missing-var-ids @:#\$1,\$2 --recode tab --out a; rm *.log *.nosex  
    [root@linuxprobe test]# cat a.map  ## 加上了snp组合
    1       1:55910A,G      0       55910
    1       1:852040,G      0       85204
    1       1:122948A,G     0       122948
    1       1:203750C,G     0       203750
    1       1:312707C,G     0       312707
    1       1:356863C,G     0       356863
    1       1:400518C,G     0       400518
    1       1:487423A,G     0       487423
    [root@linuxprobe test]# md5sum *.ped
    09e293ef08104b377871b606816f52a6  a.ped
    09e293ef08104b377871b606816f52a6  test.ped
    [root@linuxprobe test]# cat a.ped
    DOR     1       0       0       0       -9      G A     G G     G G     G C     G G     C C     C C     G G
    DOR     2       0       0       0       -9      A A     G G     A G     C C     G G     G C     C C     G G
    DOR     3       0       0       0       -9      A A     G G     A G     G C     C G     C C     G G     G G
    DOR     4       0       0       0       -9      A A     G G     G G     G G     C G     G G     G G     G G
    DOR     5       0       0       0       -9      A A     G G     A G     G C     G G     C C     G G     G G
    DOR     6       0       0       0       -9      A A     G G     A A     C C     G G     C C     G G     G G
    DOR     7       0       0       0       -9      G G     G G     G G     C C     G G     C C     G G     A G
    DOR     9       0       0       0       -9      G G     G G     G G     C C     G G     C C     G G     A G
    plink --file test --set-missing-var-ids @:#[b37]\$1,\$2 --recode tab --out a; rm *.log *.nose
    [root@linuxprobe test]# md5sum *.ped
    09e293ef08104b377871b606816f52a6  a.ped
    09e293ef08104b377871b606816f52a6  test.ped
    [root@linuxprobe test]# cat a.map ## 同上 ??
    1       1:55910[b37]A,G 0       55910
    1       1:85204[b37]0,G 0       85204
    1       1:122948[b37]A,G        0       122948
    1       1:203750[b37]C,G        0       203750
    1       1:312707[b37]C,G        0       312707
    1       1:356863[b37]C,G        0       356863
    1       1:400518[b37]C,G        0       400518
    1       1:487423[b37]A,G        0       487423
  • 相关阅读:
    Leap Ftp 3.0注册码
    Access数据库导入到MSSQLServer数据库中的三种办法。
    flash上传插件uploadify详解_图片批量上传_更新数据库
    Winform(c#)手机号码归属地查询的实现
    百度再度出现故障,目前很多地区无法正常访问!
    windows 2000/2003 自动重启/定时重启
    js初步学习
    考研之三战讨论
    C++中的map学习
    BUPT 63T 高才生 找最佳基站
  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/13795556.html
Copyright © 2011-2022 走看看