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  • 利用Peakscanner软件对测序仪获取的分子标记数据进行初步识别

     题目有点绕口,意思到了就行。由于课题研究需要,需要用SSR、AFLP等分子标记对生物群体进行群体遗传学研究,荧光标记引物后利用测序仪(我的数据来自ABI3730xl DNA Analyzer)进行毛细管电泳可以获得更高分辨率的数据。一般来说,GeneMapper是比较专业的测序数据分析软件,但这不是免费的软件,我只有windows XP系统的版本,而我想用我的笔记本电脑(目前是win7系统)进行工作,我只能寻找其他解决方案,在researchgate上了解到了Peakscanner这款小巧的软件,当然有点简陋,但毕竟能用。

    1、打开软件,新建项目

     2、为项目导入数据 add FIles,不支持ctrl+A,需要用shift连选

    3、首先设置或者选择内标(size Standard),设置或选择分析方法。左下角的工具栏可以设置,主界面可以为每条数据选择size Standard 和 analysis method。“ctrl+D”可以fill down,就是把第一个记录的设置选项复制给后边的所有,不支持其他复制粘贴。

    4、分析结束后,可根据offscale和quality的提示,调整分析方法,或者编辑特定的峰。

    不要手贱,乱点“Analyze all”。

    上面这种情况,可能是由于分析方法,内标识别有问题。选定后, 可以点击左边的edit size Standards,手动确认。

    分析方法,也要根据自己的峰高情况妥善调整,太大太小都容易导致识别错误。

    5、调整需要显示的字段数据,然后导出进行下一步处理。

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