水质评价指按照给定的评价对象，分析影响水环境质量的主要水质因子，然后选择合适的评价方法，根据国家标准评价等级对水体的应用价值和功能级别作出评价，最终得出一个评定结果[25]。水质评价的基本流程见下图。
（1）评价对象的确定。根据评价目的选择水质评价对象，将评价对象作为实验样本进行分析。
（2）选定评价指标。参照国家标准，分析影响水质的主要因素，其中包括物理因素、化学因素和生物因素，将这些因素作为水质评价指标。选定评价指标的过程一定要参考实际水环境状况。
（3）获得水质指标数据。指标数据的来源分为两类：一类是从水质数据数据库中获取，这种来源一般都是历史数据；一类是利用仪器设备实时监控水质状况并获取水质数据，这种来源一般都是实时数据。
（4）确定国家水质标准。水质等级的划分及各等级限值需以国家颁布的有关水环境质量标准为基础，以行业、地区标准为辅助。参照不同的水质标准会计算得出不同的水质评价结果，因此进行水质评价之前需考虑水体主要功能用途或主要目的。
（5）选定评价方法。选择评价方法是水质评价重要流程之一，好的水质评价方法会得到一个更为准确、符合实际的评价结果。
（6）进行水质评价。利用选定水质评价方法进行水质评价，对所选评价对象进行水环境质量等级评定。
（7）结果确认。计算得出水质评价等级，并通过评价方法分析找出污染水环境的主要因子，判断污染趋势并提出防治对策。