选择Hibernate还是iBATIS都有它的道理：
Hibernate功能强大，数据库无关性好，O/R映射能力强，如果你对Hibernate相当精通，而且对Hibernate进行了适当的封装，那么你的项目整个持久层代码会相当简单，需要写的代码很少，开发速度很快，非常爽。
Hibernate的缺点就是学习门槛不低，要精通门槛更高，而且怎么设计O/R映射，在性能和对象模型之间如何权衡取得平衡，以及怎样用好Hibernate方面需要你的经验和能力都很强才行。
iBATIS入门简单，即学即用，提供了数据库查询的自动对象绑定功能，而且延续了很好的SQL使用经验，对于没有那么高的对象模型要求的项目来说，相当完美。
iBATIS的缺点就是框架还是比较简陋，功能尚有缺失，虽然简化了数据绑定代码，但是整个底层数据库查询实际还是要自己写的，工作量也比较大，而且不太容易适应快速数据库修改。
我的建议就是：
如果你的团队没有Hibernate高手，那么请用iBATIS，要把Hibernate用好，并不容易；否则你应该选择Hibernate，那样你的开发速度和代码简洁性都相当棒！
BTW：
我觉得rails的ActiveRecord是平衡性做的最好的，避免了Hibernate的复杂性和学习HQL的成本，同时具备iBATIS即学即用的简单性。