1.新建工程：打开Quartus II 13.0，点击File->New Project Wizard，点击Next后可以看到如图2所示的对话框，选择工程路径给工程命名（注意：工程名必须和顶层模块名一致，否则编译会报错）。这里我们将工程名命名为lights。
2.选择器件：这里我们选择Cyclone II里头的EP2C35F672C6这个芯片。直接点击finish。至此我们完成了quartus II工程的建立。
3.添加nios II 处理器：点击Tool->Qsys，Qsys综合了之前的SOPCbuilder，打开后自动有时钟模块在里面了。在左上角的搜索栏中输入nios，点击Add（或双击）将nios II处理器添加到系统中，如图4所示，这里我们选择Nios II/e。Nios Ⅱ系列包括3种产品，分别是：Nios Ⅱ/f（快速）——最高的系统性能，中等FPGA使用量；Nios Ⅱ/s（标准）——高性能，低FPGA使用量；Nios Ⅱ/e（经济）——低性能，最低的FPGA使用量。
4.添加on-chip memory：在左上角的搜索栏输入on-chip memory，点击Add添加，如图5所示，将Total memory size修改为8192Bytes。点击finish完成设置。On-chip memory用来跑软核程序的，太小的话可能会出现各种error，比如程序放不下了。
5.添加PIO：与上两步类似，加两组PIO，一组为output，一组为input，如图6所示。PIO负责这个软核的输入输出管脚。
6.添加JTAG UART：步骤同上，使用默认设置。负责烧录软件程序到单片机里。
7.连线，这地方比较复杂
clk与所有添加的组件都连上；
clk_reset和所有的reset和reset_n都相互连接到一起；
data_master与on-chip memory，pio0，pio1，jtag都连上;
instruction_master与on-chip memory连上;
此处连线规则：如果是存储器这类的IP核，需要将其Slave端口同Nios II的data_master和instruction_master相连，而其他非存储器IP核则只需连接到Nios II的data_master即可；
再将IRQ连上，IRQ应该是中断等级；
将pio0(输入)重命名为Switches(右键rename)，pio1改为LEDs(输出)。双击Switches和LEDs的external_connection，将其接到片外
连线完成后如下图。此时下面会报一堆错，不用急。
8.双击nios2，将reset vector和exception vector指向onchip_memory，这样程序复位从RAM中走，便于调试，若是添加了epcs模块，则从flash中重启，最终程序完成后选择则可。
9.分配地址：点击system->assignbase addresses给各个接口及组件分配地址。
10.保存并生成系统（.v文件）
点击file->save，命名为nios。
保证messages里头没有错误后，点击工具栏里头的generation生成搭建的系统。至此，我们完成了NIOSS II系统的搭建。
11.将系统添加到工程中：选择project navigator中的Files，右键添加上一节中的文件到工程中。将niossythesis下的所有文件添加入工程中（或者只添加.Qsys经过试验也是可以的）。
12.实例化：点击file->new，如图11所示，新建顶层模块对系统实例化。点击保存。
13.导入管脚配置文件：点击assignment->importassignment将管脚配置文件导入。
14.编译和配置：编译工程，通过后就可以将其配置到DE2开发板上了。至此，我们完成了硬件设计部分。
15.打开Nios II Eclips:tools->Nios II software build tools for Eclipse，workspace选择你建立的quartus project的路径。
16.新建工程：点击files->new->Nios IIApplication and BSP from Template，如图15所示。选择quartus II工程目录下的nios.sopcinfo文件。命名工程名为lights，使用默认设置点击finish。
17.添加C代码：选择lights目录下的hello_world.c下的主函数main():int，将其内容修改为如图16所示，其中宏定义Switches和LEDs的地址到Qsys的system contents里头的base查找。
18.修改设置：选中lights_bsp，右键选择properties->Nios II BSPProperties，将Reduced device drivers和Small C library选中，取消Support C++。点击OK。
19.生成BSP：点击工具栏里头的NIOS II->BSPEditor->generate完成BSP的生成。
20.建立工程：右击lights->Build Project，完成工程建立。
21.运行：选择RUN->run as->Nios IIHardware。