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  • Clickhouse 入门

    clickhouse 简介
    ck是一个列式存储的数据库,其针对的场景是OLAP。OLAP的特点是:

    • 数据不经常写,即便写也是批量写。不像OLTP是一条一条写
    • 大多数是读请求
    • 查询并发较少,不适合放置先生高并发业务场景使用 , CK本身建议最大一秒100个并发查询。
    • 不要求事务

    click的优点

    为了增强压缩比例,ck存储的一列长度固,于是存储的时候,不用在存储该列的长度信息

    使用向量引擎 , vector engine ,什么是向量引擎?
    https://www.infoq.cn/article/columnar-databases-and-vectorization/?itm_source=infoq_en&itm_medium=link_on_en_item&itm_campaign=item_in_other_langs

    clickhouse的缺点

    • 不能完整支持事务
    • 不能很高吞吐量的修改或删除数据
    • 由于索引的稀疏性,不适合基于key来查询单个记录

    性能优化

    为了提高插入性能,最好批量插入,最少批次是1000行记录。且使用并发插入能显著提高插入速度。

    访问接口

    ck像es一样暴露两个端口,一个tcp的,一个http的。tcp默认端口:9000 ,http默认端口:8123。一般我们并不直接通过这些端口与ck交互,而是使用一些客户端,这些客户端可以是:

    • Command-line Client 通过它可以链接ck,然后进行基本的crud操作,还可以导入数据到ck 。它使用tcp端口链接ck
    • http interface : 能像es一样,通过rest方式,按照ck自己的语法,提交crud
    • jdbc driver
    • odbc driver

    输入输出格式

    ck能够读写多种格式做为输入(即insert),也能在输出时(即select )吐出指定的格式。

    比如插入数据时,指定数据源的格式为JSONEachRow

    INSERT INTO UserActivity FORMAT JSONEachRow {"PageViews":5, "UserID":"4324182021466249494", "Duration":146,"Sign":-1} {"UserID":"4324182021466249494","PageViews":6,"Duration":185,"Sign":1}
    

    读取数据时,指定格式为JSONEachRow

    SELECT * FROM UserActivity FORMAT JSONEachRow
    

    值得注意的时指定这些格式应该是ck解析或生成的格式,并不是ck最终的的存储格式,ck应该还是按自己的列式格式进行存储。ck支持多种格式,具体看文档
    https://clickhouse.yandex/docs/en/interfaces/formats/#native

    数据库引擎

    ck支持在其中ck中创建一个数据库,但数据库的实际存储是Mysql,这样就可以通过ck对该库中表的数据进行crud, 有点像hive中的外表,只是这里外挂的是整个数据库。

    假设mysql中有以下数据

    mysql> USE test;
    Database changed
    
    mysql> CREATE TABLE `mysql_table` (
        ->   `int_id` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT,
        ->   `float` FLOAT NOT NULL,
        ->   PRIMARY KEY (`int_id`));
    Query OK, 0 rows affected (0,09 sec)
    
    mysql> insert into mysql_table (`int_id`, `float`) VALUES (1,2);
    Query OK, 1 row affected (0,00 sec)
    
    mysql> select * from mysql_table;
    +--------+-------+
    | int_id | value |
    +--------+-------+
    |      1 |     2 |
    +--------+-------+
    1 row in set (0,00 sec)
    

    在ck中创建数据库,链接上述mysql

    CREATE DATABASE mysql_db ENGINE = MySQL('localhost:3306', 'test', 'my_user', 'user_password')
    

    然后就可以在ck中,对mysql库进行一系列操作
    file

    表引擎(table engine)—MergeTree 家族

    表引擎定义一个表创建是时候,使用什么引擎进行存储。表引擎控制如下事项

    • 数据如何读写以及,以及存储位置
    • 支持的查询能力
    • 数据并发访问能力
    • 数据的replica特征

    MergeTree 引擎

    建表时,指定table engine相关配置

    CREATE TABLE [IF NOT EXISTS] [db.]table_name [ON CLUSTER cluster]
    (
        name1 [type1] [DEFAULT|MATERIALIZED|ALIAS expr1] [TTL expr1],
        name2 [type2] [DEFAULT|MATERIALIZED|ALIAS expr2] [TTL expr2],
        ...
        INDEX index_name1 expr1 TYPE type1(...) GRANULARITY value1,
        INDEX index_name2 expr2 TYPE type2(...) GRANULARITY value2
    ) ENGINE = MergeTree()
    [PARTITION BY expr]
    [ORDER BY expr]
    [PRIMARY KEY expr]
    [SAMPLE BY expr]
    [TTL expr]
    [SETTINGS name=value, ...]
    
    • 该引擎会数据进行分区存储。
    • 数据插入时,不同分区的数据,会分为不同的数据段(data part), ck后台再对这些data part做合并,不同的分区的data part不会合到一起
    • 一个data part 由有许多不可分割的最小granule组成

    部分配置举例

    ENGINE MergeTree() PARTITION BY toYYYYMM(EventDate) ORDER BY (CounterID, EventDate, intHash32(UserID)) SAMPLE BY intHash32(UserID) SETTINGS index_granularity=8192
    

    granule

    file
    gruanule是按主键排序后,紧邻在一起,不可再分割的数据集。每个granule 的第一行数据的主键作为这个数据作为这个数据集的mark 。比如这里的主键是(CounterID, Date)。第一个granule排序的第一列数据,其主键为a,1 ,可以看到多一个gruanle中的多行数据,其主键可以相同。

    同时为了方便索引,ck会对每个granule指定一个mark number, 方便实际使用的(通过编号,总比通过实际的主键值要好使用一点)。

    这种索引结构非常像跳表。也称为稀疏索引,因为它不是对每一行数据做索引,而是以排序后的数据范围做索引。

    查询举例,如果我们想查询CounterID in ('a', 'h'),ck服务器基于上述结构,实际读取的数据范围为[0, 3) and [6, 8)

    可以在建表时,通过index_granularity指定,两个mark之间存储的行记录数,也即granule的大小(因为两个mark间就是一个granule)

    TTL

    可以对表和字段进行过期设置

    MergeTree 总结

    MergeTree 相当于MergeTree家族表引擎的超类。它定义整个MergeTree家族的数据文件存储的特征。即

    • 有数据合并
    • 有稀疏索引,像跳表一样的数据结构,来存储数据集。
    • 可以指定数据分区

    而在此数据基础上,衍生出了一些列增对不同应用场景的子MergeTree。他们分别是

    • ReplacingMergeTree 自动移除primary key相同的数据
    • SummingMergeTree 能够将相同主键的,数字类型字段进行sum, 最后存为一行,这相当于预聚合,它能减少存储空间,提升查询性能
    • AggregatingMergeTree 能够将同一主键的数据,按一定规则聚合,减少数据存储,提高聚合查询的性能,相当于预聚合。
    • CollapsingMergeTree 将大多数列内容都相同,但是部分列值不同,但是数据是成对的行合并,比如列的值是1和-1

    ReplicatedMergeTree 引擎

    ck中创建的表,默认都是没有replicate的,为了提高可用性,需要引入replicate。ck的引入方式是通过集成zookeeper实现数据的replicate副本。

    正对上述的各种预聚合引擎,也有对应的ReplicatedMergeTree 引擎进行支持

    • ReplicatedMergeTree
    • ReplicatedSummingMergeTree
    • ReplicatedReplacingMergeTree
    • ReplicatedAggregatingMergeTree
    • ReplicatedCollapsingMergeTree
    • ReplicatedVersionedCollapsingMergeTree
    • ReplicatedGraphiteMergeTree

    表引擎(table engine)— Log Engine 家族

    该系列表引擎正对的是那种会持续产生需要小表,并且各个表数据量都不大的日志场景。这些引擎的特点是:

    • 数据存储在磁盘上
    • 以apeend方式新增数据
    • 写是加锁,读需等待,也即查询性能不高

    表引擎(table engine)— 外部数据源

    ck建表时,还支持许多外部数据源引擎,他们应该是像hive 外表一样,只是建立了一个表形态的链接,实际存储还是源数据源。(这个有待确认)

    这些外部数据源表引擎有:

    • Kafka
    • MySQL
    • JDBC
    • ODBC
    • HDFS

    Sql语法

    sample 语句

    在建表的时候,可以指定基于某个列的散列值做sample (之所以hash散列,是为了保证抽样的均匀和随机).这样我们在查询的时候,可以不用对全表数据做处理,而是基于sample抽样一部分数据,进行结构计算就像。比如全表有100个人,如果要计算这一百个人的总成绩,可以使用sample取十个人,将其成绩求和后,乘以10。sample适用于那些不需要精确计算,并且对计算耗时非常敏感的业务场景。

    安装事宜

    一些tips

    生产环境关掉swap file

    Disable the swap file for production environments.

    记录集群运行情况的一些表

    system.metrics, system.events, and system.asynchronous_metrics tables.

    安装环境配置

    cpu频率控制

    Linux系统,会根据任务的负荷对cpu进行降频或升频,这些调度升降过程会影响到ck的性能,使用以下配置,将cpu的频率开到最大

    echo 'performance' | sudo tee /sys/devices/system/cpu/cpu*/cpufreq/scaling_governor
    

    linux系统频率可能的配置如下:
    file

    运行超额分配内存

    基于swap 磁盘机制,Linux系统可以支持应用系统对超过物理内存实际大小的,内存申请,基本原理是将一部分的不用的数据,swap到硬盘,腾出空间给正在用的数据,这样对上层应用来看,仿佛拥有了很大的内存量,这种允许超额申请内存的行为叫:Overcommiting Memory

    控制Overcommiting Memory行为的有三个数值

    • 0: The Linux kernel is free to overcommit memory (this is the default), a heuristic algorithm is applied to figure out if enough memory is available.
    • 1: The Linux kernel will always overcommit memory, and never check if enough memory is available. This increases the risk of out-of-memory situations, but also improves memory-intensive workloads.
    • 2: The Linux kernel will not overcommit memory, and only allocate as much memory as defined in overcommit_ratio.

    ck需要尽可能多的内存,所以需要开启超额申请的功能,修改配置如下

     echo 0 | sudo tee /proc/sys/vm/overcommit_memory
    

    关闭透明内存

    Huge Pages 操作系统为了提速处理,将部分应用内存页放到了处理器中,这个页叫hug pages。而为了透明化这一过程,linux启用了khugepaged内核线程来专门负责此事,这种透明自动化的方式叫: transparent hugepages 。 但自动化的方式会带来内存泄露的风险,具体原因看参考链接。

    所以CK安装期望关闭该选项:

    echo 'never' | sudo tee /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled
    

    尽量用大的网络带宽

    如果是ipv6的话,需要增大 route cache

    不要将zk和ck装在一起

    ck会尽可能的多占用资源来保证性能,所以如果跟zk装在一起,ck会影响zk,使其吞吐量下降,延迟增高

    开启zk日志清理功能

    zk默认不会删除过期的snapshot和log文件,日积月累将是个定时炸弹,所以需要修改zk配置,启用autopurge功能,yandex的配置如下:

    zk配置zoo.cfg

    # http://hadoop.apache.org/zookeeper/docs/current/zookeeperAdmin.html
    
    # The number of milliseconds of each tick
    tickTime=2000
    # The number of ticks that the initial
    # synchronization phase can take
    initLimit=30000
    # The number of ticks that can pass between
    # sending a request and getting an acknowledgement
    syncLimit=10
    
    maxClientCnxns=2000
    
    maxSessionTimeout=60000000
    # the directory where the snapshot is stored.
    dataDir=/opt/zookeeper/{{ cluster['name'] }}/data
    # Place the dataLogDir to a separate physical disc for better performance
    dataLogDir=/opt/zookeeper/{{ cluster['name'] }}/logs
    
    autopurge.snapRetainCount=10
    autopurge.purgeInterval=1
    
    
    # To avoid seeks ZooKeeper allocates space in the transaction log file in
    # blocks of preAllocSize kilobytes. The default block size is 64M. One reason
    # for changing the size of the blocks is to reduce the block size if snapshots
    # are taken more often. (Also, see snapCount).
    preAllocSize=131072
    
    # Clients can submit requests faster than ZooKeeper can process them,
    # especially if there are a lot of clients. To prevent ZooKeeper from running
    # out of memory due to queued requests, ZooKeeper will throttle clients so that
    # there is no more than globalOutstandingLimit outstanding requests in the
    # system. The default limit is 1,000.ZooKeeper logs transactions to a
    # transaction log. After snapCount transactions are written to a log file a
    # snapshot is started and a new transaction log file is started. The default
    # snapCount is 10,000.
    snapCount=3000000
    
    # If this option is defined, requests will be will logged to a trace file named
    # traceFile.year.month.day.
    #traceFile=
    
    # Leader accepts client connections. Default value is "yes". The leader machine
    # coordinates updates. For higher update throughput at thes slight expense of
    # read throughput the leader can be configured to not accept clients and focus
    # on coordination.
    leaderServes=yes
    
    standaloneEnabled=false
    dynamicConfigFile=/etc/zookeeper-{{ cluster['name'] }}/conf/zoo.cfg.dynamic
    

    对应的jvm参数

    NAME=zookeeper-{{ cluster['name'] }}
    ZOOCFGDIR=/etc/$NAME/conf
    
    # TODO this is really ugly
    # How to find out, which jars are needed?
    # seems, that log4j requires the log4j.properties file to be in the classpath
    CLASSPATH="$ZOOCFGDIR:/usr/build/classes:/usr/build/lib/*.jar:/usr/share/zookeeper/zookeeper-3.5.1-metrika.jar:/usr/share/zookeeper/slf4j-log4j12-1.7.5.jar:/usr/share/zookeeper/slf4j-api-1.7.5.jar:/usr/share/zookeeper/servlet-api-2.5-20081211.jar:/usr/share/zookeeper/netty-3.7.0.Final.jar:/usr/share/zookeeper/log4j-1.2.16.jar:/usr/share/zookeeper/jline-2.11.jar:/usr/share/zookeeper/jetty-util-6.1.26.jar:/usr/share/zookeeper/jetty-6.1.26.jar:/usr/share/zookeeper/javacc.jar:/usr/share/zookeeper/jackson-mapper-asl-1.9.11.jar:/usr/share/zookeeper/jackson-core-asl-1.9.11.jar:/usr/share/zookeeper/commons-cli-1.2.jar:/usr/src/java/lib/*.jar:/usr/etc/zookeeper"
    
    ZOOCFG="$ZOOCFGDIR/zoo.cfg"
    ZOO_LOG_DIR=/var/log/$NAME
    USER=zookeeper
    GROUP=zookeeper
    PIDDIR=/var/run/$NAME
    PIDFILE=$PIDDIR/$NAME.pid
    SCRIPTNAME=/etc/init.d/$NAME
    JAVA=/usr/bin/java
    ZOOMAIN="org.apache.zookeeper.server.quorum.QuorumPeerMain"
    ZOO_LOG4J_PROP="INFO,ROLLINGFILE"
    JMXLOCALONLY=false
    JAVA_OPTS="-Xms{{ cluster.get('xms','128M') }} 
        -Xmx{{ cluster.get('xmx','1G') }} 
        -Xloggc:/var/log/$NAME/zookeeper-gc.log 
        -XX:+UseGCLogFileRotation 
        -XX:NumberOfGCLogFiles=16 
        -XX:GCLogFileSize=16M 
        -verbose:gc 
        -XX:+PrintGCTimeStamps 
        -XX:+PrintGCDateStamps 
        -XX:+PrintGCDetails
        -XX:+PrintTenuringDistribution 
        -XX:+PrintGCApplicationStoppedTime 
        -XX:+PrintGCApplicationConcurrentTime 
        -XX:+PrintSafepointStatistics 
        -XX:+UseParNewGC 
        -XX:+UseConcMarkSweepGC 
    -XX:+CMSParallelRemarkEnabled"
    

    数据备份

    数据除了存储在ck之外,可以在hdfs中保留一份,以防止ck数据丢失后,无法恢复。

    配置文件

    ck的默认配置文件为/etc/clickhouse-server/config.xml,你可以在其中指定所有的服务器配置。

    当然你可以将各种不同的配置分开,比如user的配置,和quota的配置,单独放一个文件,其余文件放置的路径为

     /etc/clickhouse-server/config.d
    

    ck最终会将所有的配置合在一起生成一个完整的配置file-preprocessed.xml

    各个分开的配置,可以覆盖或删除主配置中的相同配置,使用replace或remove属性就行,比如

    <query_masking_rules>
        <rule>
            <name>hide SSN</name>
            <regexp>d{3}-d{2}-d{4}</regexp>
            <replace>000-00-0000</replace>
        </rule>
    </query_masking_rules>
    

    同时ck还可以使用zk做为自己的配置源,即最终配置文件的生成,会使用zk中的配置。

    默认情况下:
    users, access rights, profiles of settings, quotas这些设置都在users.xml

    一些最佳实践

    一些最佳配置实践:
    1.写入时,不要使用distribution 表,怕出现数据不一致
    2.设置background_pool_size ,提升Merge的速度,因为merge线程就是使用这个线程池
    3.设置max_memory_usage和max_memory_usage_for_all_queries,限制ck使用物理内存的大小,因为使用内存过大,操作系统会将ck进程杀死
    4.设置max_bytes_before_external_sort和max_bytes_before_external_group_by,来使得聚合的sort和group在需要大内存且内存超过上述限制时,不至于失败,可以转而使用硬盘进行处理

    一些踩坑处理:
    1.Too many parts(304). Merges are processing significantly slower than inserts 问题是因为插入的太平凡,插入速度超过了后台merge的速度,解决版本办法是,增大background_pool_size和降低插入速度,官方建议“每秒不超过1次的insert request”,实际是每秒的写入影响不要超过一个文件。如果写入的数据涉及多个分区文件,很可能还是出现这个问题。所以分区的设置一定要合理
    2.DB::NetException: Connection reset by peer, while reading from socket xxx 。很有可能是没有配置max_memory_usage和max_memory_usage_for_all_queries,导致内存超限,ck server被操作系统杀死
    3.Memory limit (for query) exceeded:would use 9.37 GiB (attempt to allocate chunk of 301989888 bytes), maximum: 9.31 GiB 。是由于我们设置了ck server的内存使用上线。那些超限的请求被ck杀死,但ck本身并没有挂。这个时候就要增加max_bytes_before_external_sort和max_bytes_before_external_group_by配置,来利用上硬盘
    4.ck的副本和分片依赖zk,所以zk是个很大的性能瓶颈,需要对zk有很好的认识和配置,甚至启用多个zk集群来支持ck集群
    5.zk和ck建议都使用ssd,提升性能
    对应文章:https://mp.weixin.qq.com/s/egzFxUOAGen_yrKclZGVag

    参考资料

    https://clickhouse.yandex/docs/en/operations/tips/
    http://engineering.pivotal.io/post/virtual_memory_settings_in_linux_-_the_problem_with_overcommit/
    https://blog.nelhage.com/post/transparent-hugepages/
    https://wiki.archlinux.org/index.php/CPU_frequency_scaling

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/niceshot/p/14064423.html
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