fasta文件中序列的排序

同样的名为read_1.fa 的fasta文件，里面有若干序列，如：

>@r1
TGAATGCGAACTCCGGGACGCTCAGTAATGTGACGATAGCTGAAAACTGTACGATAAACNGTACGCTGAGGGCAGAAAAAATCGTCGGGGACATTNTAAAGGCGGCGAGCGCGGCTTTTCCG
>@r2
NTTNTGATGCGGGCTTGTGGAGTTCAGCCGATCTGACTTATGTCATTACCTATGAAATGTGAGGACGCTATGCCTGTACCAAATCCTACAATGCCGGTGAAAGGTGCCGGGATCACCCTGTGGGTTTAT
>@r3
ATCGCCCGCAGACACCTTCACGCTGGACTGTTTCGGCTTTTACAGCGTCGCTTCATAATCCTTTTTCGCCGCCGCCATCAGCGTGTTGTAATCCGCCTGCAGGATTTTCCCGTCTTTCNGTGCCTTGNT
..........等等

直接看代码：

#encoding = utf-8

"""
简介：fasta文件中按id或者seqence长度排序
作者：刘自军
data:2017年5月17 21:38
"""

import sys 

args = sys.argv

fasta = {}
with open(args[1]) as f:

    for line in f:
        line = line.strip()
        if line.startswith('>'):
            ID = line
            fasta[ID] = ''
        else:
            fasta[ID] += line

    if args[2] == 'id':
        fasta = sorted(fasta.items(),key=lambda i:i[0])  #按id排序
　　　　　　 #python3中废除类iteritems(),但用items()可以实现同样的效果
    elif args[2] == 'len':
        fasta = sorted(fasta.items(),key=lambda i:len(i[1]))  #按每个序列的长度排序
    else:
        fasta = fasta.items()

    for k,v in fasta:
            print ('%s
%s' %(k,v))