成对HMM（Pair HMMs）用于双序列比对--转载

http://blog.163.com/bioinfor_cnu/blog/static/19446223720118205527863/

所有文章：http://blog.163.com/bioinfor_cnu/blog/#m=0

1. 成对HMM用于双序列比对的基本思想：

2. 状态转移矩阵：

 

 3. 成对HMM的完整描述：

 

4. 成对HMM的Viterbi算法：