Linux是开源的,而Windows不是。这个也是Linux与Windows之间最大的差异。一般来说,开源似乎收到了更多系统管理员的亲睐,而开源的软件似乎更受个人电脑用户的欢迎。两种类型之间有很多不同点,我们需要加以分析和对比才可以选择那种类型的服务器更加的适合自己。
一些用户错误的认为PC上使用的Windows系统,所以也必须使用Windows服务器托管他们的网站或建立Windows管理服务。但是实际上,Linux与Windows服务器之间的选择,跟你计算机运行的程序无关。不管你现在使用的是Windows,xp或2000,甚至是Mar OX,你仍然可以使用Linux或Windows作为你的服务主机。 下面对两个系统分析,任何一个系统或者软件都是没有最好的只是相对来说根据业务需要更加贴近自己需求而已。
两种服务器及系统对比如下:
性价比
就性价比这一方面来说，Linux主机的优势是显而易见的。因为Linux作为资源管理和操作系统来说，是开源、免费的。虽然目前国内Windows操作系统占据着主导地位。但是正版的Windows的操作系统是收费的，相应的，服务器商提供的Linux虚拟主机要比Windows虚拟主机价格更加实惠。国内主机商相当一部分卖的是Windows主机，这是因为微软在中国对安装在服务器上的Windows操作系统的版权审核还没那么严格。一旦严格起来，那些选用Windows虚拟主机的用户可能就要被迫承担服务器公司转嫁到他们身上的Windows的版权费了。Linux系统的软件通常也是免费使用的，所以成本很低。即使购买企业版，需要配套公司支持，总体上也比Windows或者别的专有软件便宜的多。它通常包括基于用户的许可证和昂贵的插件，尤其是出于安全考虑。还有一点要说明的就是，个人建站，如果网站内容和流量不大，一般不需要选择大型服务器。而在相同配置下，Linux主机的性能比Windows主机好一些，即运行相似的任务，Linux主机比Windows主机需要更少的资源。
技术支持
Windows提供较完善的帮助系统,而大多数Linux用户都是依靠相关社区及相关技术群组获得一些技术支持。他们可以从聊天或者论坛中获得有用信息。缺点是,它需要很长的时间获得所需的答案。
普通用户倾向于Windows服务器,因为他提供了出色和及时的技术支持.但是,专业和熟练的管理员就可能不太会去找技术支持。也有一些通过购买一些服务或者技术支持。如:Rad Hat公司技术支持服务。
稳定性
主机的稳定性关系着网站的生存，稳定性不够好的话，就会影响用户的访问，这对于用户体验度的影响是非常大的。因其系统安全漏洞较多而容易受到攻击，Windows主机的稳定性已经被很多人诟病。只能说因为Windows系统是最广大的个人电脑操作系统，所谓“树大招风”就是如此。Linux是多用户多进程系统，windows是单用户伪多用户系统，不适合服务器。也就意味着Linux能够一次性处理大量正在运行的进程，比Windows能够处理的数量要多得多。这一点很快就降低了Windows系统的稳定性。Linux本身就是网络操作系统，和早期的Unix兼容。Windows的图形界面需要占很多资源，Linux系统去掉图形界面的包袱，系统运行得更快。Windows配置变化的时候，通常需要重新启动，这导致不可避免的停机，而Linux通常不需要重新启动。几乎所有的Linux系统配置的改变都 能在系统运行中操作，而且还不会影响其他无关的服务。还有Windows主机必须经常整理碎片，这种操作在Linux主机上少得多。这对宕机或停机将带来灾难性后果的中小型企业或个人，还是相当重要的。
脚本兼容
选用Linux主机还是Windows主机，最根本的还是取决于你想用什么技术达到一个什么样的效果。如果你的网站很简单，只用到静态的HTML页 面，那么选择Linux主机还是Windows主机的区别不大。因为Windows主机和Linux主机可以承载的静态HTML文件几乎相同。但如果你的网站是动态的，要用到数据库，就需要考虑到底选用哪一个了。因为Linux主机和Windows主机分别支持不同的数据库。如果你的网站需要运用到微软特有的应用程序诸如ASP、ASP.Net、ColdFusion、MSSQL Server或者MS Access Databases，那你肯定要需要选择Windows主机了。如果你的网站是用PHP、PhpBB、MySQL、Perl开发的，那么你就要选择Linux主机了，Linux主机支持的软件有建个人博客常用的 WordPress，建论坛的Discuz和建电子商务的软件Joomla等等。而且如果你选择的是国外的Linux主机，产品类别会比较多，选择余地要远远超过Windows主机。即使你的计算机装的是Windows操作系统，你仍然可以选用Linux主机，也可以浏览任何Linux平台支持的网站。网上有很多实现 Windows和Linux主机之间共享文件的教程，在Windows主机上必须安装TCP/IP协议，因为Linux主机上的SMB协议是基于TCP /IP的。还有一点值得注意的是，用Linux主机建立的网站可以托管在Windows主机上，但是建立在Windows主机上的网站却不能托管在Linux主机上。
安全性
作为主机平台，其安全性直接影响到主机产品的安全性。从商家对自己产品的介绍中，我们很难真正了解那些所谓安全设置在实际应用中的真实效果。所以，与其罗列Linux系统和Windows系统各自的安全技术，不如从这两种操作系统的应用基础上进行比较。从安全漏洞的数量上考虑。因为Linux的开源软件开发方式有助于暴露错误，集众人智慧解决问题，各种补丁更新得很快，这是Windows主机不具备的优势。Windows的另一个不利因素是其许多应用程序依靠远程过程调用，这就迫使Windows的防火墙没有Linux那样严格。而Linux远程过程调用是限制使用的。Linux系统也有自己的缺点，就是厂商开发的硬件和相关驱动一般针对的是Windows系统，使得Linux的硬件兼容相对延后。Linux主要用作支持网络功能的操作系统，默认安装时启动了很多不必要的网络应用程序，这就可能造成安全漏洞。虽然管理员权限和普通的用户账号都可以操作Windows和Linux系统，但是某些第三方Windows应用软件需要管理员的权限才能正确运行。 因此，这些用户发起的病毒攻击的破坏性是很大的。Linux应用软件通常都遵守这个安全要求，很少被攻击者利用。正因为Windows主机受到病毒感染的机会较多，就促使用户购买杀毒软件，这又是一笔额外的费用。Windows主机操作简单，其代价是牺牲了全面的安全。此外，Windows需要兼容不安全的老版本的软件也是一个不利的条件，这个缺点是Linux主机所没有的。除了主机产品本身的安全水平的高低，站长也要采取相应的措施，保护主机的安全。综上，个人建站除了要考虑主机产品的价格，网站的安全性和稳定性也同样重要。另外，结合自己的专业所长和个人爱好，选择适合的操作系统和主机平台。
当然,安全是非常重要的一项指标这两个系统都有漏洞和潜在的风险。很多管理员声称Linux比Windows有更多的漏洞,这当然跟它开源有关。不过,如果你有一个好的管理员,安全应该不是一个更大问题,无论你使用的那种操作系统。
核心代码的可访问性
也许Linux和Windows之间最大的区别之一,就是Linux允许所有的用户具有安全访问代码的权限,他们可以做自己需要的任何更改。访问代码的好处是,他们很容易的修改BUG,并改进系统。相反,大多数Windows用户不具备访问代码权限,也不允许他们进行修改。有些人觉得公开 公开核心代码,会有恶意的开发者破坏系统,从而降低安全性。
Windows和Linux服务器都是很优秀的服务器。开源和闭源服务器都有长处和短处,需要考虑和评估。决定选择哪一种取决于自己的需求。
开发成本及维护成本
随着知识经济,信息时代的来临，计算机软件来迅猛发展。商品化,资本化,资产化的计算机软件的价值评估的社会需求也日易增多,而且有越来越多的趋势。由于系统软件通常是一些规模大,复杂程度高的人机系统,因此,系统软件的开发，使用，维护，管理的过程，是一个非常复杂的系统工程，需要有巨大的人力，物力，财力资源，需要各种计算机软硬件的支持。这一特点是在系统软件评估中应予充分考虑的，无论采用那种方式都是需要结合实际用户需求及开发成本来进行预算和选择。适合自己的才是最好的。
系统选择微总
Windows和Linux是两种不同操作系统。相对而言,Linux的安全性与与运行效率都要比Widows好。所以除非你必须要求使用Windows操作系统主机。否则建议使用Linux主机。其实,国外最广泛的建站程序无一不是PHP,比如大家熟悉的ShopEX,EXshop,wordpress等。
什么样建站及服务必须使用Windows主机呢,一般来说,你的程序选择使用ASP或ASP.NET,需要使用MSSQL数据库或MS Access数据库,那就必须使用windows服务器及系统了。随着社会及应用的不断扩展现在越来越多的人亲睐于Linux操作系统,以主导市场Windows操作系统的最大服务商微软也在不断改善系统适应时代潮流慢慢对系统的跨平台发展。