以C#为例说明，
1、C# 源代码经过C# Compiler 生成托管模块（中间语言和元数据），其中元数据描述了源代码中定义的类型和成员，以及源代码引用的类型和成员。
2、多个托管代码和资源文件经过AL.exe（程序集链接器），生成程序集（exe，dll文件）。
3、JIT（just-in-time）将程序集中的IL生成本地机器指令，然后执行。
可以认为，程序集包含了中间语言，是对中间语言和其他信息的封装。 使用ildasm.exe 可以对程序集拆箱，读取其中的IL；使用ilasm.exe 可以对IL进行封装，生成程序集。
Reflector.exe 可以将程序集中的IL转换为C#源码，方便用户查看。NGen.exe 可以将程序集中的IL 生成本地机器代码，在本地缓存，不必每次都使用JIT来生成机器代码，提高效率。
.net中程序集也就是exe、dll等文件，exe文件也就是PE文件。.net PE 与 windows PE 是不同的，windows PE 是操作系统直接来执行的，.net PE 由CLR来管理，将其中的IL 转化为本地机器语言，然后执行，这就是.net 能够跨平台的原因。