使用LaTeX和KnitR自动生成报告

扩展名为.Rnw(Rtex)的文件就是包含了R代码的LaTeX文档。编译的时候，先用Rscript调用Knitr处理，生成.TeX文档，然后用pdfLaTeX/XeLaTeX编译成PDF。
最方便的编译.Rnw文档的工具是使用RStudio！(TeXStudio/SublimeText/VSC都比较慢)，TeXStudio(2.12.16)最适合编写.Rnw文档
谢益辉为LyX制作了可用Knitr的模板，使用也十分方便。

Knitr主页：https://yihui.name/knitr/
Knitr示例：https://yihui.name/knitr/demos/
编辑器配置：https://yihui.name/knitr/demo/editors/

下面结合一些工具说明Knitr的使用方法。在TeXStudio/ST/VSC中编辑，在RStudio编译！

使用RStudio

1. 安装某个LaTeX发行版，如TeXLive(https://tug.org/texlive/acquire.html)
2. 安装R(https://r-project.org)，并安装KnitR包

   install.packages('knitr')
   

3. 安装RStudio Desktop(https://rstudio.com/)
4. 启动RStudio，点击“Tools-Global setting: Sweave”:
   • Wave Rnw files using "Knitr"
   • Typeset LaTeX into PDF using "pdfLaTeX"(中文选用"XeLaTeX")
5. 新建Rnw文件：“File-New File-R Sweave”，在文档区输入

   <<>>=
   plot(rnorm(100),type='l')
   @
   

   保存文件为test.rnw。扩展名必须为.rnw！
6. 点击"Compile PDF"，生成PDF文档。

RStudio的优点：方便的编译环境；R代码自动提示；样式比较漂亮。
不足：没有LaTeX自动补全、提示。
上面步骤1、2是必须的。

使用 TeXStudio

• "Options-Config-Build:user Commands"添加命令Knitr:Knitr，命令为
  Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')"|xelatex -synctex=1 -shell-escape -interaction=nonstopmode %.tex | txs:///view-pdf
  或
  Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')" | txs:///xelatex | txs:///xelatex | txs:///view-pdf
  如果有参考文献，用如下命令：
  Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')"|xelatex %.tex |bibtex %|xelatex -synctex=1 -shell-escape -interaction=nonstopmode %.tex | txs:///view-pdf
  或
  Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')" | txs:///xelatex | txs:///bibtex | txs:///xelatex | txs:///view-pdf
• 文件扩展名必须为.rnw！
• "Tools - user:Knitr"编译文件(要定义快捷键！)。

TeXStudio(2.12.16)的优点：方便的编译环击；LaTeX提示、自动补全；样式比较漂亮。
不足：没有R代码自动提示补全。感觉是最好的.Rnw的编辑/译器

编译问题
设置后，编译总是先调用pdflatex，然后才是rscript？？

如果用knit2pdf替换knit，XeLaTeX编译时总提示："tlmgr search --file --global "/article.cls"，然后寻找文件或安装(导致速度慢)。

TeXStudio的配色：https://tex.stackexchange.com/questions/108315/how-can-i-set-a-dark-theme-in-texstudio
TeXStudio的配置文件为config eXStudio.ini，配色部分位于[formats]段
使用配色

1. 打开TeXStudio，"Options > Save profile"，保存为user-default.txsprofile
2. 再执行上面操作，保存为custom-dark1.txsprofile
3. 打开custom-dark1.txsprofile，并找到[formats]段(在最后)，会看到

   [formats]
   version=1.0
   

4. 将其他的配色设置复制粘贴到其后，保存。
5. TeXStudio中执行："Options > Load profile"，找到保存的custom-dark1.txsprofile，确定。
6. 关闭并重启TeXStudio，打开一个文件，就能看到配色生效。
   PS：以前都是将配色设置复制到teXstudio.ini后的[formats]段。

使用Sublime Text 3

• 安装Knitr插件(以及R-box, senttextplus, latexing/latextools)
• 文件扩展名必须为.Rnw或.Rmd！(是大写的R)

能识别.Rnw的样式。
"set syntax:latexing(knitr)" 或 latex后，按LaTeX/R文档处理，有自动完成、提示。

VS code

LaTeX workshop 8.4.2增加了.rnw格式的支持。或ctrl+shift+p“change language mode”中选R Sweave(也支持R markdown)。
settings.json的对应位置添加如下设置：

"latex-workshop.latex.recipes": [
 {
   "name": "Knitr",
   "tools": [
     "Rscript",
     "xelatex"
   ]
 },
 {
   "name": "Knitr (biblatex)",
   "tools": [
     "Rscript",
     "xelatex",
     "biblatex",
     "xelatex"
   ]
 }
],

"latex-workshop.latex.tools":[
 {
 "name": "Rscript",
 "command": "Rscript",
 "args": [
   "-e",
   "library(knitr); knit('%DOC%')",
 ],
 "env": {}
 }
],

%DOC%=%DOCFILE%，都是全名？vscode传递给xelatex的文件是"*.rnw.tex"
此处取文件名的变量${fileBasenameNoExtension}不能被识别！

使用LyX

直接使用模板即可。
以前常用LyX，后来发现还是不用这种可视化的比较好些，现在基本使用VS code编辑LaTeX。

示例文档

%最小的例子实现Latex-Knitr
%在Rstudio中，新建Rsweave文件并保存为.rnw
%complile PDF
% https://texblog.org/2013/08/20/rknitr-automatic-bibliography-generation-with-biblatex-in-rstudio/
documentclass{article}
usepackage{hyperref}
usepackage[backend=bibtex, sorting=none]{biblatex}
ibliography{references}
 
egin{filecontents*}{references.bib}
@Manual{knitr2013,
    title = {knitr: A general-purpose package for dynamic report
      generation in R},
    author = {Yihui Xie},
    year = {2013},
    note = {R package version 1.4.1},
    url = {http://yihui.name/knitr/},
  }
end{filecontents*}
 
egin{document}
 
section*{Automatic biblatex bibliography generation in RStudio using knitr}
 
<<setup, include=FALSE, cache=FALSE, echo=FALSE>>=
opts_chunk$set(fig.path='figures/plots-', fig.align='center', fig.show='hold', eval=TRUE, echo=TRUE)
options(replace.assign=TRUE,width=80)
Sys.setenv(TEXINPUTS=getwd(),
           BIBINPUTS=getwd(),
           BSTINPUTS=getwd())
@
 
<<sample-data-hist-and-box, out.width='0.48\textwidth'>>=
sampleData <- rnorm(1000, 0,1)
hist(sampleData)
boxplot(sampleData)
@
 
This document was produced in RStudio using the knitr package cite{knitr2013} by url{http://texblog.org}.
 
printbibliography
 
end{document}