AtomEye的使用

      网易博客粗略地在转载的基础上对AtomEye补充了概述：

    AtomEye: Atomistic configuration viewer developed by J. Li. This program is mainly used for MD results. Since this code uses dynamic memory allocation, million-atom-visualization is possible. Our group usually uses this program to make a movie file. Since making execution file from source is not easy, we are using a precompiled binary file.
    Links: AtomEye2 homepage
    Local Manual :Binary and Source code can be downloaded
    Related Sites: AtomEye2 group is developing parallel version, AtomEye3. Current status of AtomEye3 is beta version and not stable. One should be careful when using AtomEye3. If parallel version is stable, the code is useful for us!!

      另附上该软件的引用文献：J.Li.AtomEye: an efficient atomistic configuration viewer.Modelling Simul. Mater. Sci. Eng. 11 (2003) 173–177.

      该软件使用过程中有如下两点值得注意：

      1. 一般性使用。

     运行后会出现两个界面，一个是原子图像界面（下图右边），另一个是操作符界面（下图左边）。把原子图像的窗口最大化后，既可以像VMD一样用鼠标拖拉产生旋转，也可以通过键盘来控制图像的显示。需要特别注意的是，使用键盘控制显示时，需要先将鼠标放在图像界面上，然后在键盘输出相应的控制符，例如控制显示背景颜色时，需要敲入d（注意大小写，大写D是取截面的意思），此时，操作符界面虽然没有显示d，但是有个后续的RGB值的输入提示，接着输入0 0 1，并按下Enter，这样图像界面就会出现蓝色背景了，如下面右图所示。 

   

 

     

      普通显示图像还会遇到图片格式的问题。AtomEye要求的格式有3种： PDB | standard CFG | extended CFG

      在Lammps有个lmp2cfg工具，可以方便转化lammps的dump文件为CFG格式。但是需要编译一下才能生存可执行文件。具体使用方法可以细心阅读README.txt。需要特别注意的是，在转化dump文件时还需要编辑一个inputfile，里面有个单引号括起来的文件才真正指向dump文件。这个dump文件名字不能太长，否则转化时会出现错误。

      另外，dump命令可以设置成cfg格式。

      2. 图片输出与动画制作。

      目前AtomEye支持的图片输出格式为eps，jpg和png三种格式，每次按一个首字母就会出现相应的文件名提示（j,e,p，注意，c是退出界面的意思），键入名称后回车即可。AtomEye还可以制作动画，这个在Michael的博客中已经有了详细说明：【原创】atomeye视频可视化lammps结果，不在赘述。

      注意：在Windows系统下，jpg和png两种格式直接以更名的方式就可以实现相互转化，eps格式也可以直接改为这两种格式的图片，但是二者在转为eps格式时，就会出现乱码的问题。而在Linux下，该问题同样不能用mv来解决，但却可以通过如下脚本进行无乱码转化：

#!/bin/bash
#A picture type convertion application
if [ $# -eq 2 ]
then
for i in `ls | grep $1`
do convert $i `echo $i | sed -e s/$1$/$2/`
echo "$i is converted!!"
done
# mkdir converted
# mv *.$2 converted
echo "The converted picture were moved to converted directory."
else
echo "Usage:akconv source_picture_type target_picture_type"
exit
fi

　　 使用的时候，直接键入：sh akconv jpg eps即可，程序会搜索所有jpg格式图片并转化为eps的格式。在数量很多的情况下，取消注释行，该脚本就会把所有转化后的图片格式存入converted文件夹中。

参考链接：

[1] http://iopscience.iop.org/article/10.1088/0965-0393/11/2/305/pdf

[2] Utilities to use with CFG/AtomEye:http://li.mit.edu/A/Graphics/A/utils.html

[3]  AtomEye 3: atomistic configuration viewer:http://li.mit.edu/Archive/Graphics/A3/A3.html

[4] 我爱搜集网：可视化软件atomeye简介、使用方法及常用快捷键；如何使用atomeye将lammps的模拟结果做成视频动画

[5] Making Atomistic Movies using AtomEye