如果需要如标题所述的需要，可以使用.net framework中的aspnet_compiler工具，使用方法如下。
比如我们现在编译的应用程序，虚拟目录是aspnet，实际物理路径是E:\aspnet，我们编译后的目标路径是E:\www,那么我们只要执行如下命令就可以了：
aspnet_compiler -v /Aspnet -p E:\aspnet E:\www
执行完成后，我们发现E盘下生成了www的目录，里边的子目录App_Code和所有.cs文件都不见了，还有master页及其代码.cs文件也不见了。多了一个bin目录（里边是些.compiled和dll文件）和一个PrecompiledApp.config文件。其实这时候.aspx文件也被编译了，只是它作为一个标记文件还存在，实际上没有任何实质性的内容（我们发现这时候每个aspx文件的内容都是“这是预编译工具生成的标记文件，不应被删除!”，其实删了也无所谓）。
aspnet_compiler是个很不错的工具，用来预编译ASP.NET应用程序。打开Visual Studio 2005命令提示就可以执行了。详细的可以aspner_compiler -?看看帮助。