FAT16文件系统
可以保存的文件体积最大值是 4 GB - 1 byte (2^32 bytes - 1 byte)；
卷的最大体积是4GB；每个卷上最多可以保存的文件数量是65,536个 (2^16)；
根目录下可以保存的文件和文件夹数量最大值是512个（如果使用了长文件名，该数字还会减小）
FAT32文件系统
可以保存的文件体积最大值是 4 GB - 1 byte (2^32 bytes - 1byte)；
Windows自带的工具可以创建的卷的最大体积是32GB；
每个卷中最多可以保存的文件数量是4,177,920个；
一个特定文件夹中最多可以保存的子文件夹和文件的数量是65,534（如果使用了长文件名，那么该数字会减小）
NTFS文件系统
可以保存的文件的大小的最大值，理论上是16EB - 1 KB (2^64 bytes - 1 KB)(1EB=1024PB=1024TB=1024GB) ，实际实现过的最大值是16TB - 64 KB (2^44 bytes - 64 KB)；
卷的体积最大值，理论上可以达到2^64个簇 - 1个簇，实际实现过的最大值是2^56 TB - 64KB ( 2^32 个簇 - 1个簇)；
每个卷可以包含的文件个数的最大值是4,294,967,295个 (2^32 - 1)
在服务器里，文件夹下的文件数还是越少越好，按自定义分类创建多级文件夹来管理，系统找文件速度也快，管理上也方便。 还有一篇：http://blog.sina.com.cn/s/blog_5ea94c770100hdfm.html
以上是在网上找到的相关资料。
根据我平时操作经验，一个文件夹里放几百、几千、几万个文件。
在一个文件夹中进行遍历、读取等操作，随着文件数量越来越多，速度越来越慢。